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2011年6月至12月间，美国国立卫生研究院（NIH）临床中心的17名患者发生了血流感染事件，其中6人死亡。医生得知其中一位6月住院的患者携带克雷伯氏肺炎菌，但此前不清楚这种常见的医院获得性感染病原体是如何传播的，也不确定是否只是不同患者偶然感染了该细菌。通过采集患者和医院设备上的样本，并对不同菌株进行基因分析，研究人员追踪到了该病原体复杂的传播途径。

该研究发表在《科学转化医学》上，是首次将全基因组测序技术应用于医院暴发疫情期间的流行病学调查。

论文作者、美国国家人类基因组研究所高级研究员Julie Segre指出，基因测序技术的应用成为可能，主要是因为其成本和速度已足以实现近乎实时的检测。去年每个基因测试的成本为2000美元，今年已降至500美元。基因测序结果显示，病菌源于一名患者，其他患者通过医院感染该病菌的途径比预想的更为复杂，且现有的医院感染控制措施尚不充分。与流行病学家最初假设的细菌从首例患者直接传播给其他患者不同，实际传播路径更为曲折。分析显示，1号患者将细菌分别传播给了3、4、8号患者，这些患者在一个多月后出现症状。8号患者携带的细菌未进一步传播，而3号患者将细菌传给了5号和2号患者，其余患者均由4号患者传染。

研究人员认为，细菌主要通过医院工作人员的手传播。此外，在一名患者使用过的呼吸机上发现了细菌，这表明常规清洁程序不足以清除设备上的细菌。尽管本次研究未发现细菌通过呼吸机传播的直接证据，但类似事件可能在其它地方发生。