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2012年，中国科学院在创新能力方面取得显著提升，高水平论文数量较上年增长13%，授权专利和授权发明专利预计均增长20%。科技成果转移转化超过8500项，为社会企业带来新增销售收入3027亿元，利税478亿元。

中科院秘书长邓麦村在2013年度工作会议新闻发布会上介绍，2012年中科院取得了一系列重大创新成果，包括大亚湾中微子实验首次发现第三种中微子振荡模式、量子通信与量子计算研究在国际上首次实现八光子纠缠、干细胞研究建立精子的替代细胞并获得转基因动物、发现调控大脑智力发育的关键因子、平流层飞艇飞行试验圆满成功等，这些成果在国际上产生了重要影响。

中科院大科学工程建设也取得多项进展，代表性成果包括亚洲最大的65米射电望远镜在上海落成，“科学”号海洋科学综合考察船正式交付使用，子午工程顺利通过国家验收等。

战略性先导科技专项是中科院面向世界科技前沿和国家重大战略需求而实施的，先期启动的专项已取得重要进展。例如，空间科学专项启动了硬X射线探测卫星、量子科学实验卫星、暗物质探测卫星、返回式科学试验卫星的工程研制，其中硬X射线探测卫星和量子科学实验卫星已进入初样阶段。

此外，中科院还将陆续启动大气灰霾追因与控制、低阶煤清洁高效利用关键技术、面向感知中国的新一代信息技术研究等战略性先导科技专项的研究。