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随着测序技术的飞速发展和成本的持续降低，微生物生态学研究在过去十年间迅速成为热点领域。二代测序（NGS）数据的分析流程（pipeline）是研究的关键环节。本文介绍四种常用的分析流程：Mothur、QIIME、Uparse和RDP pipeline，并总结其特点与适用场景。

1. Mothur：由密歇根大学Patrick Schloss团队开发，支持本地运行，学习曲线平缓，提供详细的SOP（标准操作流程），适合新手。软件定期更新，新增命令，在二代测序数据分析中竞争力强。可结合R语言、SPSS、Origin、Sigmaplot等工具进行数据可视化。

2. QIIME：全称Quantitative Insights Into Microbial Ecology，由科罗拉多大学博尔德分校Rob Knight团队开发。安装和命令较Mothur复杂，但自由度更高，内置统计分析和高质量图形生成功能，可直接用于发表。QIIME在微生物组研究中应用广泛。

3. Uparse：由独立研究员Robert C. Edgar开发，以处理速度快著称，但错误率相对较高，适合大规模数据的快速处理。Uparse集成在USEARCH软件包中，该软件包还包含其他实用工具。

4. RDP pipeline：由密歇根州立大学James M. Tiedje和James R. Cole团队开发，基于在线平台，用户需将数据上传至美国服务器进行分析，这限制了其使用。团队还开发了功能基因数据库和分析流程（FunGene），推动了功能基因多样性研究。

此外，有研究者整合了Uparse和QIIME的分析流程，可供参考。总体而言，Mothur和QIIME是使用最广泛的两种流程，各有优势，选择取决于研究需求和用户偏好。相关论坛和workshop为研究人员提供了交流和支持平台。