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对话全球首个“合成细胞”科学家:“合成基因组学”的未来在哪里?

J. Craig Venter博士是21世纪最顶尖的科学家之一,以其在基因组学领域的杰出贡献而闻名。除了在科学界的重要头衔外,他还是一位成功的企业家,是克雷格·凡特研究所(J. Craig Venter Institute,JCVI)的创始人、总裁兼CEO。JCVI是一家非盈利性研究机构,主要致力于人类、微生物、植物、合成生物及环境基因组学的研究,并探索基因组学的社会学和伦理学问题。

Venter博士还是美国合成基因组学公司(Synthetic Genomics,SGI)的联合创始人、执行总裁和首席科学家,以及人类长寿公司(Human Longevity)的联合创始人、执行总裁和CEO。

近日,生物技术出版业全球领先的杂志GEN(Genetic Engineering & Biotechnology News,基因工程与生物技术新闻)采访了这位集企业家和科学家光环于一身的“大牛”,深入探讨了他在合成生物学和合成基因组学领域的研究进展和未来方向。

合成生物学的里程碑:全球首个“合成细胞”

Venter博士的团队在合成生物学领域取得了多项突破。2010年,他们成功制造出全球首个“合成细胞”,一种名为丝状支原体的细菌——丝状支原体JCVI-syn1.0(Mycoplasma mycoides)。这一成就标志着合成基因组学领域的重大进展,尽管它基于预先存在的物种,但它向创造和构建新生物的目标迈出了重要一步。

合成基因组学的挑战与未来

目前,JCVI的工作主要集中在合成基因组学公司(SGI)的项目上,与SGI的Dan Gibson团队合作,致力于从计算机上的设计图直接构建新物种。然而,合成细胞的设计仍然面临挑战,因为超过10%的基因对生命至关重要,但其具体功能尚不清楚。这限制了合成基因组学的发展潜力。

Venter博士指出,合成基因组学不仅仅是设计和构建新的生物体,还需要不断改进这一过程。然而,由于尚未完全了解所有基因的功能,即使是最小的生物体也无法基于第一原理进行设计。因此,设计出具有新功能的细胞成为了一项巨大的挑战。

推进合成基因组学计划

为了推进合成基因组学计划,Venter博士的团队采用了计算机隐喻来整理基因组碎片。他们通过重建染色体和链接相关基因的方式来整理基因碎片,例如将所有与糖酵解相关的基因分组到一个“盒子”中,将与细胞分裂相关的基因分组到另一个“盒子”中。这种方法为未来的物种设计提供了新的起点。

此外,Venter博士提到,他们正在考虑举办一个公开竞赛,为设计出进化功能最好的细胞的作者颁发奖品。通过添加基因和复杂功能,可以将细胞转化为更复杂的生物体。

合成生物学的发展方向

Venter博士认为,合成生物学重新定义了“分子生物学”领域,并使“系统生物学”成为现代化的“生理学”。CRISPR系统的发现极大地推动了合成生物学的发展,使得构建物种的速度大大加快。Venter博士预测,将CRISPR技术与合成生物学相结合,将产生深远的影响。

SGI与United Therapeutics合作的一个重要项目是通过修改猪的基因,使猪的器官可以用于人类器官移植。这项技术类似于早期的单克隆抗体技术,通过对猪的器官进行人类基因的修饰,减少排斥反应。目前,他们已经创建了一个全新的、高度准确的猪基因组“盒子”,并正在进行系统地改变猪的基因组。

SGI的Dan Gibson教授开发的“Gibson组装”技术,使得多种不同过程使用的不同种类的酶可以在同一温度下在试管中进行反应,极大地简化了DNA组装的过程。此外,SGI开发的BioXp™仪器是一款自动化的DNA组装机器人,可以将寡核苷酸或其亚群构建成更大的结构体。

(责任编辑:泉水)