生物行移动版

ACD/3D Viewer 是一款将二维化学结构转换为三维结构，并计算键角和原子间距离的专业软件，完全集成于 ChemSketch 结构绘制程序中。

该软件支持多种功能：

• 导入：支持读取 MDL molfile 格式的结构文件，与其他计算化学软件高度兼容。
• 导出：支持从 3D 界面导出为 3D OLE 服务器文件，或从 ChemSketch 界面导出为草图、位图或 MDL molfile 文件。
• 显示：可自定义分子颜色和显示类型，支持棒状、球棒模型、空间填充模型及透明球面点显示等多种结构表现形式。
• 操作：通过鼠标控制分子位置，支持自动旋转及显示样式切换。
• 测量：支持原子间距离测量及三角和四角（扭转）角度测量。
• 定制：可修改单个原子的半径和颜色，以及背景颜色。
• 集成：可将工作区内容复制到剪贴板，粘贴到支持 OLE 的 Microsoft Windows 应用程序中，如文字处理器或图形软件。

三维优化算法

ACD/3D Viewer 采用基于分子力学的三维优化算法，将 ChemSketch 中的二维平面结构快速转换为合理的三维构象。该算法考虑了键长伸缩、键角弯曲、内部旋转及范德华非键相互作用，经过简化以提高计算速度和稳定性。优化器并非完整的分子力学引擎，主要目的是从二维草图生成合理的三维构象，而非精确优化。

在优化过程中，分子构象可能发生变化，例如手性中心的 R 构象可能变为 S 构象，因为算法不限制构象类型。用户可通过 ChemSketch 中的“上/下立体键”工具指定手性中心的键方向以获得期望的对映体。

优化器的限制

目前，ACD/3D Viewer 仅支持含有 C（四价）、H（一价）、F（一价）、Cl（一价）、Br（一价）、I（一价）、N（三价、四价）、O（二价）和 S（二价、四价、六价）的分子结构优化。无法优化有机金属化合物及带电原子（除叠氮和硝基外）结构，也不考虑氢键作用。

版本 5.0 新功能

所有 ACD 软件均作为 32 位应用程序运行，兼容 Windows 95/98/NT/ME/2000 操作系统。版本 5.0 引入了文件关联设置功能，支持更便捷的文件管理和操作。

背景说明

ACD/3D Viewer 由 Advanced Chemistry Development Inc. 开发，旨在为化学研究人员提供直观的三维分子结构查看和基本的结构参数计算工具，辅助分子设计和构象分析。

参考文献

[1] CHARMM 力场参数化方法，详见相关分子力学文献。