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据英国《独立报》2006年11月16日报道，美国科学家成功破译了3.8万年前穴居人遗骨的部分DNA基因片段，认定该穴居人为男性，其所在种群的基因约40万年前开始与智人出现分化。这一发现有助于解开人类进化过程中的谜团。

科学家表示，这位穴居人的遗骨距今已有3.8万年，而在他死后数千年间，穴居人彻底从地球上消失。通过对提取的基因物质进行分析，科学家认定该穴居人为男性，且其所在种群与现代人类祖先——智人并未进行过交配。破解的DNA显示，大约40万年前，穴居人与现代人类祖先在基因上开始出现差异。穴居人于3万年前最终灭绝，而在此前的数千年间，他们与现代人类祖先一直在欧洲混居。除了弄清穴居人灭绝的原因，科学家还需解决穴居人与现代人类祖先是否发生过杂交的问题。

美国加利福尼亚伯克利实验室的科学家爱华德-鲁宾表示：“到目前为止，科学家尚无法最终断定这两个种群之间是否有过杂交，但通过穴居人DNA原子核分析，发现杂交的可能性相当低。在3万到4万年前的欧洲，我们没有找到基因混杂的直接证据，但也不能排除这种可能性，只是尚未找到证据。基因破译工作十分复杂，首先必须对穴居人30多亿对DNA链进行破译和排序。一旦完成，从理论上讲，未来克隆穴居人是完全可行的，就像有科学家希望用DNA样本复原灭绝已久的猛犸一样。”

爱华德-鲁宾称，由于这具穴居人化石年代久远，其DNA因细菌腐蚀或人类学家的触摸而受到污染。在一些化石中，只有3%的DNA属于穴居人。幸运的是，在克罗地亚山洞发现的这具穴居人化石保存完好，几乎未被污染。研究人员先削去化石最上层，然后用牙医钻子收集DNA样本。此次研究的目的之一是寻找人类与穴居人是否曾相互交配的证据，以及如果曾交配，其后代发生了什么。研究人员相信，破译穴居人所有遗传密码，不仅能解释穴居人与人类的差异，还能为预防人类疾病提供线索。

美国科学家还表示，不久将利用新型排序工具破译穴居人DNA。这种新仪器一次可解读最多25万条DNA链。通过对黑猩猩、人类和穴居人DNA的比较，科学家发现黑猩猩与人类基因仅有1%的差异，而在这1%中，穴居人和人类有96%相同，另外4%与黑猩猩相同。这一事实表明，穴居人当时已拥有较强的智力和思维能力，可能懂得唱歌、发明音乐，并用类似舞蹈的动作进行交流。

和现代人类一样，穴居人是猿类的一个分支。约50万年前，他们生活在欧洲大陆和西亚地区，直至公元前3万年灭绝。现代人类祖先起源于非洲，之后进入欧洲，并最终取代了穴居人。在长达数千年的时间里，现代人祖先与穴居人共存，并对他们进行残杀，直至穴居人最终消亡。有科学家认为，尽管穴居人很强壮，但手指不够敏捷，无法制造复杂工具和武器，这最终导致了他们的灭亡。