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九个环境组织在一项联合研究中指出，欧盟的生物燃料目标可能反而增加温室气体排放，原因是为了种植生产生物燃料所需的作物，将导致森林和湿地被毁。这些组织包括地球之友、绿色和平组织以及行动援助组织等。研究显示，欧盟27国中有23个国家设定了到2020年运输能源中9.5%来自生物燃料的目标。为实现这一目标，所需土地面积超过比利时国土面积的两倍，且由此引发的土地利用变化可能使温室气体排放比继续使用汽油和柴油高出167%。

“生物燃料并非环境友好型的能源解决方案，”欧洲行动援助组织政策和活动经理Laura Sullivan指出，“欧洲的计划实际上是在给公司一张空白支票，允许它们继续从全球贫困人口手中夺走土地来种植生物燃料。”欧盟的目标是到2020年，运输能源中生物燃料、氢能和可再生能源的比例达到10%，同时温室气体排放减少20%。

然而，欧盟能源部门发言人Marlene Holzner反驳称，实现目标所需的实际土地面积小于研究结论，且欧盟指导方针禁止通过砍伐森林来获取土地生产生物燃料。“可再生能源指令明确规定，不允许砍伐森林生产生物燃料，对湿地等也是如此，”Holzner在一封邮件中表示。她指出，欧盟10%的目标可能需要500万公顷土地，但欧盟有足够的先前用于作物生产而今闲置的地区来满足需求。Holzner还强调，生物燃料对2007年至2009年食品价格上涨的影响微乎其微，并拒绝接受游说团体关于生物燃料作物种植导致土地使用变化、进而“对食品安全造成毁灭性影响”的指责。

欧盟已于6月10日建立控制体系，确保生物燃料生产主要来自油菜籽、小麦、玉米和蔗糖等作物，而非破坏森林、湿地或自然保护区。