Primer Premier 5.0 的使用技巧简介

功能

Premier 5.0 是一款功能强大的分子生物学工具软件，其主要功能分为四大块，其中引物设计、限制性内切酶位点分析和 DNA 基元（motif）查找是三个最常用的功能。此外，该软件还具有同源性分析功能，但这并不是其特长，因此在此不做详细介绍。Premier 5.0 还提供了一些特殊功能，如设计简并引物、序列“朗读”、DNA 与蛋白质序列的互换以及语音提示键盘输入等。

在分子生物学研究中，经常需要根据一段氨基酸序列反推到 DNA 序列来设计引物。由于大多数氨基酸的遗传密码不止一种，因此，由氨基酸序列反推 DNA 序列时，会遇到部分碱基的不确定性。这样设计的引物实际上是多个序列的混合物，它们的序列组成大部分相同，但在某些位点有所变化，这被称为简并引物。Premier 5.0 可以根据模板 DNA 的来源选择相应的遗传密码规则，将 DNA 和氨基酸序列进行转换。该软件提供了八种不同生物亚结构的遗传密码规则供用户选择，包括纤毛虫大核（Ciliate Macronuclear）、无脊椎动物线粒体（Invertebrate Mitochondrion）、支原体（Mycoplasma）、植物线粒体（Plant Mitochondrion）、原生动物线粒体（Protozoan Mitochondrion）、一般标准（Standard）、脊椎动物线粒体（Vertebrate Mitochondrion）和酵母线粒体（Yeast Mitochondrion）。

使用步骤及技巧

启动 Premier 5.0 软件后，其主要功能在主界面上一目了然。限制性酶切点分析及基元查找功能相对简单，用户只需点击相应功能按钮，选择相应的限制性内切酶或基元，即可进行分析。软件还允许用户编辑或添加新的限制性内切酶或基元。

进行引物设计时，用户需要点击引物设计按钮，进入引物设计界面。在此界面中，用户可以进一步点击“Search Criteria”按钮，打开搜索条件窗口，对多种参数进行调整。这些参数包括搜索目的（Search For）、搜索类型（Search Type）、引物长度（Primer Length）、搜索范围（Search Ranges）等。用户可根据自己的需求设定各项参数。如果没有特殊要求，建议使用默认设置。

完成参数设置后，点击“Search”按钮，软件将开始搜索引物。搜索结果以表格的形式显示，包括上游引物、下游引物和成对引物的信息。默认显示为成对引物，并按优劣次序排列。用户可以查看每对引物的详细信息，包括发夹结构（Hairpin）、二聚体（Dimer）、错误引发情况（False Priming）以及上下游引物之间二聚体形成情况（Cross Dimer）等指标。

一对理想的引物应当不存在任何一种上述结构，因此最好的情况是分析栏中没有任何警告信息。此外，软件还提供了引物编辑功能，用户可以在 5' 端加入酶切位点等。如果需要设计简并引物，只需根据源氨基酸序列的物种来源选择相应的遗传密码规则，反推至 DNA 序列即可。对简并引物的分析可以适当放宽要求。总之，Premier 5.0 具有优秀的引物自动搜索功能，同时可进行部分指标的分析，而且操作简便，是一个非常实用的软件工具。