小肠由许多肠隐窝和绒毛构成。小鼠研究表明每个肠隐窝（crypt）含有多种干细胞。但是，在小鼠身上进行的实验在人身上是不可行的，因此人们对人类小肠知之甚少。然而，理论上干细胞的历史可能记载在基因组中。

基因组能够记载历史，因此有可能根据体细胞误差来重构体细胞动力学。最近的人类结肠研究表明，随机的体细胞表观遗传差异记录了干细胞的历史。年龄相关的甲基化作用也在人类小肠中发生，并或许能够确定干细胞特征。

研究人员发现，肠隐窝甲基化模式与干细胞微环境比永生的干细胞血统更加一致。人类大、小肠肠隐窝微环境似乎与干细胞动力学很相似，但是与年龄相关的甲基化在小肠中积累的相对较少。十二指肠和回肠之间没有明显的干细胞差异，并且干细胞存活似乎也没有随着年龄的增长而下降。

含有多种干细胞的肠隐窝微环境似乎维持着人类小肠。结肠和小肠中的肠隐窝微环境似乎是相同的，而且小肠干细胞有丝分裂速率与结肠相同或者更慢。

研究人员通过重亚硫酸盐测序方法测量了13个小肠样本的肠隐窝甲基化模式，接着利用一种可量化的模型来分析甲基化模式，以区别永生干细胞或微环境干细胞。

虽然目前还需要进行更为深入的研究，但是年龄相关的甲基化作用似乎记录了体细胞的历史，并且体细胞表观遗传分子时钟测量可能用于其他人类组织，以重构其他的干细胞历史（记者杨淑娟）。