中药出口正面临前所未有的挑战，农药残留和国际绿色壁垒成为主要障碍。近年来，中药材质量问题频频被曝光，尤其是农药残留超标现象严重影响了中药的国际声誉和出口能力。香港NGO发布的《中药材农药污染调查报告》显示，在全国9个城市抽检的65个中药样本中，超过40%检出高毒农药残留，涉及同仁堂、云南白药等知名品牌。
香港市场对内地中药的信心持续下降，进口增速创下新低。与此同时，内地中药出口香港的增速也大幅下滑，反映出质量问题已成为制约中药国际化的重要因素。中国医药保健品进出口商会数据显示，自2008年以来，中成药贸易逆差持续存在，绿色壁垒成为出口的“拦路虎”，60%以上被拒产品因农残等环保问题。
“洋中药”逆袭加剧了行业隐忧。随着跨国医药公司加大对植物提取物的研发和投资，出口的植物提取物被用于生产“天然药物”，部分返销中国市场。日本救心制药株式会社开发的救心丹、英国利洁时收购桂龙药业等案例，显示国际企业正积极布局中药领域。国家食药监总局数据显示，进口中药品种已达97种，未来数量还将增加。
中药产业亟需加强原材料质控、提升安全标准，才能在国际市场立足。农药残留、绿色壁垒和“洋中药”竞争，已成为中国中药出口和产业升级的三大挑战。