生物信息学是融合生物学、计算机科学和信息技术的新兴交叉学科，其核心在于利用数据库和算法工具对生物数据进行存储、检索和分析。本文系统整理了全球主要的生物信息学资源，涵盖基因组数据库、序列检索工具、比对软件、蛋白质分析平台等，为研究人员提供一站式导航。
重要主页
欧洲分子生物学实验室（EMBL）：http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html（英国剑桥）
英国人类基因组图谱项目资源中心（HGMP-RC）：http://www.hgmp.mrc.ac.uk/
SeqNet：欧洲分子生物学网络（EMBNet）英国节点：http://www.seqnet.dl.ac.uk/
GenBank：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/index.html（美国国立卫生研究院国家生物技术信息中心）
日本DNA数据库（DDBJ）：http://www.ddbj.nig.ac.jp
基因组序列数据库（GSDB）：http://seqsim.ncgr.org/（美国国家基因组资源中心，采用超级计算机加速基因组算法）
人类孟德尔遗传在线（OMIM）：http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/searchomim.html（人类基因及其疾病数据库，包含文本、图像和参考文献，链接至Entrez和MedLine）
欧洲果蝇基因组计划：http://edgp.ebi.ac.uk/
基因组研究所（TIGR）：http://www.tigr.org/
瑞士生物信息学研究所（Expasy）：http://www.expasy.ch/
GenomeNet（日本）：http://www.genome.ad.jp/
澳大利亚国家基因组信息服务（ANGIS）：http://morgan.angis.su.oz.au
生物信息学与生物学网络资源：http://aeiveos.wa.com/biology/index.html（优秀站点）
其他基因组站点列表：http://www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb/（简洁清晰）
布鲁内尔大学在线教学项目：http://www.brunel.ac.uk/depts/bl/project/front.htm
手册
EMBL：http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/usrman/usrman.html
GenBank：ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt
SRS：http://www.sanger.ac.uk/srs/srsman.html
其他指南与教程
生物计算超文本课程：http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/（详尽的学习资源）
分子遗传信息
Gene Cards：http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/（提供全面信息与链接，直接链接至GenBank、SWISS-PROT和MedLine）
Gene Cards：遗传相关疾病：http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards-bin/listdiseasecards
生命科学词典：http://biotech.chem.indiana.edu/pages/dictionary.html
基因组序列数据库
四大主要序列数据库（每日交换序列信息）：
EMBL：http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/embl_db/ebi/topembl.html
GenBank：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Search/index.html
DDBJ：http://www.ddbj.nig.ac.jp
其他基因组数据库与工具
国际免疫遗传学数据库（IMGT）：http://imgt.cnusc.fr:8104（包含Ig、TCR和MHC序列的专家注释）
人类基因组图谱数据库（HuGeMap）：http://www.infobiogen.fr/services/Hugemap（遗传与物理图谱）
UTR主页：http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/（真核mRNA非翻译区分析资源）
序列搜索与检索
集成数据库检索系统：
Entrez：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/（一站式入口）
序列检索系统（SRS）：http://www.seqnet.dl.ac.uk/srs/srsc
TIGR人类基因索引（HGI）序列搜索：http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_seq_search.html
TIGR HGI报告：http://www.tigr.org/tdb/hgi/hgi_info.html
TIGR HGI基因表达数据：http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_xpress_search.html
TIGR HGI名称搜索：http://www.tigr.org/tdb/hgi/searching/hgi_name_search.html
基因组数据库（GDB）：http://hgmp.mrc.ac.uk/gdb 或 http://gdbwww.gdb.org/（已停止更新）
GENATLAS：http://bisance.citi2.fr/GENATLAS/（全面易用，支持图形化染色体定位）
Gene Cards：http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/
序列鉴定（BLAST、FASTA等）
桑格中心数据库搜索服务：http://www.sanger.ac.uk/DataSearch/（BLAST和WU-BLAST 2.0）
BLAST 2相似性搜索（EMBNet）：http://www.ch.embnet.org/software/frameBLAST.html
BLAST2搜索与后处理（EMBL）：http://dove.embl-heidelberg.de/Blast2/
FASTA 3（EMBL）：http://www2.ebi.ac.uk/fasta3/
FASTA：http://www2.igh.cnrs.fr/bin/fasta-guess.cgi
Blitz：http://www.ebi.ac.uk/searches/blitz.html
Beauty：http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/protein-search.html（增强型BLAST，预测蛋白质功能）
序列比对
基因发现分析与注释工具：http://genome.cs.mtu.edu/aat.html（通过cDNA和蛋白质数据库鉴定基因）
成对序列比对：http://genome.cs.mtu.edu/align/align.html
多重序列比对（MAP）：http://genome.cs.mtu.edu/map/map.html
网络蛋白质序列分析：http://pbil.ibcp.fr/NPSA/npsa_clustalw.html（ClustalW）
ALIGN：http://www2.igh.cnrs.fr/bin/align-guess.cgi 或 http://genome.eerie.fr/fasta/align-query.html
多重序列比对与层次聚类：http://www.toulouse.inra.fr/multalin.html（彩色输出）
多重比对交互式彩色编辑器（CINEMA）：http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/CINEMA2.1/（基于Java）
VSNS生物计算分部多重比对资源页：http://www.techfak.uni-bielefeld.de/bcd/Curric/MulAli/
cDNA数据库
TIGR人类cDNA图谱项目：http://www.tigr.org/tdb/hummap/hummap.html
通过OMIM：http://www.nih.gov
突变数据库
人类基因突变数据库：http://www.uwcm.ac.uk/search/mg/allgenes?
蛋白质突变数据库：http://www.genome.ad.jp/htbin/bfind_pmd
MITOMAP：http://infinity.gen.emory.edu/mitomap.html（线粒体DNA数据库）
乳腺癌突变数据库：http://www.nchgr.nih.gov/Intramural-research/lab_transfer/bic/
新序列提交
EMBL：http://www.ebi.ac.uk/subs/emblsubs.html
BankIt（GenBank）：http://ncbi.nlm.nih.gov/
开放阅读框（ORF）查找
ORF Finder：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
序列翻译
核苷酸到蛋白质（Expasy）：http://www.expasy.ch/www/dna.html
核苷酸到蛋白质（EMBL）：http://www.ebi.ac.uk/contrib/tommaso/translate.html
正向和反向翻译：http://www.sanger.ac.uk/Software/Wise2/genewiseform.shtml
蛋白质和cDNA翻译：http://www.sanger.ac.uk/Software/Wise2/protein2cdna.shtml
蛋白质序列数据库
翻译的EMBL（TrEMBL）：http://www.ebi.ac.uk/pub/databases/trembl
SWISS-PROT：http://expasy.hcuge.ch/sprot/sprot-top.html
PIR：http://www_nbrf.georgetown.edu/pir/
基序数据库
Pratt搜索（EMBL）：http://www2.ebi.ac.uk/pratt/
PROSITE（通过EBI）：http://www2.ebi.ac.uk/ppsearch/
PROSITE：http://expasy.hcuge.ch/sprot/prosite.html
蛋白质基序指纹：http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS.html
蛋白质三维结构数据库
蛋白质数据库：http://www2.ebi.ac.uk/pdb/index.shtml
蛋白质分析工具
Web Cutter - 限制性酶切图谱工具：http://www.medkem.gu.se/cutter/