近年来，大量生物学实验数据的积累形成了数以百计的生物信息数据库。这些数据库按特定目标收集和整理实验数据，并提供数据查询与处理服务。随着互联网普及，多数数据库可通过网络访问或下载。生物信息数据库通常分为一级数据库和二级数据库：一级数据库直接来源于实验原始数据，经简单归类注释；二级数据库基于一级数据库、实验数据和理论分析，针对特定目标衍生，是对生物学知识的进一步整理。著名一级核酸数据库包括GenBank、EMBL和DDBJ；蛋白质序列数据库有SWISS-PROT和PIR；蛋白质结构库有PDB。二级数据库种类繁多，如人类基因组图谱库GDB、转录因子结合位点库TRANSFAC、蛋白质结构家族分类库SCOP等。以下简要介绍一些重要数据库。

基因和基因组数据库

1. GenBank：由美国国立生物技术信息中心（NCBI）维护，包含所有已知核酸和蛋白质序列及其文献注释。数据来源于测序工作者提交、EST序列、大规模测序及与EMBL、DDBJ交换。截至1999年8月，GenBank收录460万条序列、34亿碱基，且增长迅速。数据可免费下载，NCBI提供Entrez检索系统，支持序列相似性搜索（BLAST）等分析。序列提交可通过BankIt（适合少量序列）或Sequin（适合大量序列及复杂注释）完成。

2. EMBL核酸序列数据库：由欧洲生物信息学研究所（EBI）维护，与GenBank和DDBJ数据同步。可通过序列提取系统（SRS）检索，序列提交使用WEBIN或Sequin。

3. DDBJ数据库：日本DNA数据仓库，与GenBank和EMBL合作，提供SRS检索和Sequin提交。

4. GDB：人类基因组数据库，保存基因组图谱数据，包括基因、克隆、标记、变异等。提供基于Web的对象检索和图形化图谱浏览。

蛋白质数据库

1. PIR和PSD：国际蛋白质序列数据库，由PIR、MIPS和JIPID共同维护，包含超过142,000条非冗余蛋白质序列，经家族和超家族分类。提供文本检索、BLAST/FASTA相似性搜索及高级分类搜索。

2. SWISS-PROT：由EBI维护的高质量注释蛋白质序列数据库，条目包含功能、修饰、结构域、变异等信息，与30多个数据库交叉引用。可通过SRS检索，仅接受直接测序获得的序列。

3. PROSITE：收集蛋白质功能位点和序列模式，用于快速鉴定蛋白质家族。包括催化位点、结合位点、二硫键等模式及profile，提供在线检索。

4. PDB：蛋白质数据仓库，由RCSB维护，收录X射线和NMR解析的生物大分子三维结构。可通过Rasmol等软件显示结构。

5. SCOP：蛋白质结构分类数据库，按家族、超家族、折叠子等层次描述结构关系。提供非冗余ASTRAL序列库用于算法评估。

6. COG：蛋白质直系同源簇数据库，基于21个完整基因组构建，用于预测蛋白质功能。提供COGNITOR程序进行归类。

功能数据库

1. KEGG：京都基因和基因组百科全书，整合基因组信息（GENES）、通路信息（PATHWAY）和化学信息（LIGAND），提供图形化通路分析工具。

2. DIP：相互作用蛋白质数据库，收录实验验证的蛋白质-蛋白质相互作用，支持按蛋白质、物种、关键词等查询。

3. ASDB：可变剪接数据库，包含蛋白质和核酸两部分，来源于SWISS-PROT和GenBank，提供搜索服务。

4. TRRD：转录调控区数据库，收录真核基因调控区结构-功能信息，包括转录因子结合位点、启动子等，提供多表检索。

5. TRANSFAC：转录因子数据库，包含结合位点、基因、因子等信息，以及扩展库如PATHODB、TRANSPATH等，可免费下载。

其他数据库资源

1. DBCat：生物信息数据库目录，收录500多个数据库，按DNA、RNA、蛋白质等分类，可下载或在线检索。

2. PubMed：NCBI维护的文献引用数据库，提供MEDLINE查询和电子期刊链接，通过Entrez系统检索。

此外，国内有北京大学分子生物信息镜像系统、清华大学生物信息学研究所等资源。随着生物信息学发展，更多高质量数据库将推动生命科学研究。