DNA序列分析流程图

程序与功能

结构域搜索

• 大多数基因/蛋白质在数据库中没有被分配功能，这些序列在BLAST搜索结果中显示“无匹配”或与保守的假定蛋白质相似。
• 为未知蛋白质分配暂定功能的一种方法是在该蛋白质中搜索保守结构域，因为结构域通常是蛋白质的功能单元。
• 策略：类似于BLAST的局部序列比对分析，使用隐马尔可夫模型（HMM）。

信号肽预测

• 分泌和/或跨膜蛋白质因其暴露于细胞表面，可能在抗原特性和与宿主细胞接触中起重要作用。
• 一般而言，分泌和跨膜蛋白质在N端具有信号肽。
• 信号肽具有常见的结构，包括带正电荷的n区、疏水的h区和中性但极性的c区。
• 此外，存在(-3,-1)规则，即相对于切割位点的-3和-1位置的残基必须是小型和中性的。

信号输出解析

• 神经网络预测得分（NN值）
• HMM预测得分
• NN和HMM预测的切割位点
• 蛋白质可能具有信号肽的标准：NN和HMM得分大于0.8，且两者预测的切割位点相同。

相关生物信息学链接

• NCBI ORF查找器：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
• GETORG：http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/getorf.html
• BLAST：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
• 蛋白质结构域：Pfam：http://pfam.wustl.edu/hmmsearch.shtml
• SignalP2.0：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP-2.0/#submission
• SignalP3.0：http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/