2006年7月18日，美国参议院以63票对37票通过法案，要求联邦政府扩大对人类胚胎干细胞研究的支持。次日，布什总统举行仪式，宣布否决该法案，这是他担任总统以来首次行使否决权。由于参议院未能获得推翻否决所需的三分之二多数票，该法案暂时未能成为法律。然而，这场关于人类胚胎干细胞的争论愈演愈烈，可能影响美国未来的政治格局。

布什上任之初便面临这一争议。2001年8月9日，他发表首次电视讲话，宣布联邦政府将资助对已有的人类胚胎干细胞系的研究，但不资助开发新细胞系。当时已有数十个细胞系，布什认为这足以满足研究需求。然而，随着干细胞研究的进展和公众认知的加深，这一决定遭到越来越多的批评。民意调查显示，约70%的美国人希望取消资助限制。布什不顾民意和党内要员（如里根夫人、施瓦辛格等）的反对，坚持立场。

干细胞是未分化的细胞，具有分化成多种细胞类型的潜力。人类胚胎干细胞主要来源于受精后5天的囊胚，1998年由美国威斯康辛大学的汤姆逊首次分离。干细胞研究为治疗帕金森病、阿尔茨海默病、糖尿病、心脏病等疾病带来希望。初步研究表明，干细胞能分化成心肌细胞、神经细胞、胰岛细胞等，并在动物实验中取得积极结果。例如，将干细胞分化的心肌细胞注入心脏病小鼠体内，可修复受损心肌；将胰岛素基因转入干细胞并植入糖尿病小鼠胰腺，可缓解症状。

然而，干细胞研究仍面临挑战：如何精确控制分化方向、避免形成癌细胞、确保移植后功能整合以及避免免疫排斥。成年干细胞虽存在于骨髓、血液等组织，但数量稀少、分化潜能有限、体外扩增困难，因此胚胎干细胞被认为更具研究价值。

争议的核心在于胚胎是否算人。天主教等教派认为受精卵即为人，分离干细胞等同于谋杀；犹太教则认为体外受精的胚胎在植入母体前不算人。从生物学角度看，受精14天内胚胎不具有个性，因此使用5天囊胚不应被视为不人道。此外，用于研究的胚胎本为体外受精的废弃物，美国已有约60万个多余胚胎被摧毁，而保守派对此未加指责，却反对科学家“废物利用”，这显得自相矛盾。

布什的政策限制了联邦资金用于2001年8月9日后建立的更优质细胞系，尽管州政府和私营机构可资助研究，但科研人员因设备共用等限制而顾虑重重。这导致美国干细胞研究领先地位受到挑战，欧洲和亚洲国家（如英国、新加坡）正通过宽松政策吸引人才。例如，干细胞研究领军人物已从美国转移至英国，被比作“反向的清教徒”。

这场风波凸显了宗教与科学的冲突，以及政治对科学进步的潜在阻碍。