人类DNA差异高达10%(2)
核心摘要:
这种变异不仅频繁而且程度惊人。“我们找到了缺失的DNA片段,一些长达百万核苷酸,另一些只有几个核苷酸长,”Scherer说,“过去我们认为如果出现如
这种变异不仅频繁而且程度惊人。“我们找到了缺失的DNA片段,一些长达百万核苷酸,另一些只有几个核苷酸长,”Scherer说,“过去我们认为如果出现如此大的变异,一定是患病了。但是现在我们发现每个人都有这种(拷贝数)变异。”
研究小组发现至少16%的已知疾病相关的基因,如DiGeorge、Angelman、Williams-Beuren、Prader-Willi syndromes等稀少疾病的相关基因和精神分裂症、白内障、脊肌萎缩症、动脉硬化症等疾病的相关基因都出现在这些CNV中。
在11月23日发表的Nature文章中,Scherer等还将两份基因组图谱——Celera Genomics私人公司提供的图谱和人类基因组计划提供的图谱作了比对,发现上千种差异。
“其他人已经(比对了这两份人类基因组图谱),”Scherer说,“但是他们将这些不同大部分归咎于测序错误。他们不相信所见到的这些变化与测序所用的DNA样本有关”许多差异确实是真实的。
Scherer指出个体基因组序列——对于个体诊断、治疗和预防疾病来说并不遥远。“(对比人类基因组序列以后)就更想知道(个体测序)会得到什么,”他解释说,“文章告诉我们这是很复杂的。”
为了挖掘人类基因组图谱更深层次的价值,研究人员首先应该清楚图谱中丢失了什么,存在多少变异。Scherer说,“我们的运算法则很精微,但如果不重新比对的话很难发现新的东西。”
整个人类基因组据说有30亿个核苷酸。,Scherer在对比Celera和人类基因组测序结果时,发现3千万个核苷酸并不具有代表性,或者拷贝数不同或者方向不同。
发现丰富的DNA变异为研究遗传疾病开辟了新的视野。许多研究人员一直关注小的变异,比如单核苷酸多肽性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)。Scherer说可能如此,但一些疾病更有可能是一段基因的拷贝出现变异引起的。实际上,最近已经有研究将一些变异与肾病、帕金森氏症、阿尔茨海莫氏症、AIDS的易感性联系起来。
这项发现也为进化提供了新的线索。“直到现在,我们研究进化或者是根据小的SNP变化或者是根据在显微镜下可见的大的染色体畸变(chromosomal alterations),因为这些都是可检测的,” Scherer说,“但是现在具有了一组全新的数百万核苷酸的中等程度变异。”
研究人员对人类遗传学的认识发生改变是可喜的,但是仍需要知道这些中等程度的变异意味着什么。假如你比朋友少了一百万个核苷酸,打球的时候会不会稍逊一筹呢?
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