2006年12月4日，《北京晨报》报道了一场关于“伪科学”一词存废的学术争议。中国科学院自然科学史研究所研究员宋正海发起了一项联名活动，征集了150名学者的签名，要求将“伪科学”一词从《科普法》中删除。此举引发了学界的激烈争论，中国科学院院士何祚庥等人认为这一要求“非常荒唐”。

宋正海在发给数百名学者的电子邮件中表示，“伪科学”一词原本指“伪造科技成果或剽窃他人成果”，但如今却被滥用，打击了中国的传统文化以及扎根于传统文化土壤中的科技原创性成果和民间科学。他提出三大恳请：彻底搞清“科学”的定义、谨慎使用“伪科学”一词、将其剔除出《科普法》。

支持者认为，“伪科学”一词使用过滥，不利于不符合西方科学体系的传统科技（如中医）的发展，也可能压制科技创新精神。中国科技大学教授李志超指出，伪科学应指造假的学说，但如今许多人针对自己认为“不对”的东西就扣上“伪科学”的帽子，这不利于科学百家争鸣。他还批评某些学者利用“伪科学”打压异己，是“学霸”行为。

反对者则强调，“科学”概念源自西方，有一整套国际公认的规范。何祚庥院士表示，签名者多为支持伪科学的人，他们实际上是为假冒科学找借口。中国科普研究所原所长郭正谊认为，“伪科学”一词已写入《科普法》，指的是那些打着科学旗号招摇撞骗的学说，如“水变油”、“永动机”等，必须坚决反对。

这场争论的背景是2006年关于“八卦宇宙论”和中医是否科学的争议。文学博士刘子华曾用八卦理论预测太阳系第十大行星，被方舟子等人斥为“中国十大科技骗局”，其遗属起诉方舟子诽谤。此外，中医是否科学的讨论也使得这场争论更加激化。

记者手记指出，双方的根本分歧在于对“科学”定义的不同理解。宋正海等人认为科学是一种知识体系，并非只有现代科学才是科学；而何祚庥等人认为科学必须符合国际公认的规范。根据《现代汉语词典》的定义，伪科学指“违背客观规律，冒充科学理论用以骗人的错误的知识体系”，这更接近何祚庥的解释。记者认为，在“科学定义”已约定俗成的语境下，并非什么都要借用“科学”一词。