2005年，四川大学华西医院在SCI收录论文数和Medline收录论文数上均位居全国医疗机构第一，这一成就标志着医院在科研领域的重大突破。华西医院自20世纪90年代中期提出“科技兴院，建设研究型医院”的战略目标，以临床应用为导向，聚焦解决临床实际问题，推动基础与临床结合的研究。通过人才梯队建设、科研基地投入和学科交叉发展，医院科研水平稳步提升。

人才梯队建设是华西医院科研发展的核心。医院推行了规范的培训制度和人才引进机制，包括临床高级医师专病化培养、博士后培养和住院医师规范化培训。2002至2006年，医院引进国内外高层次人才35人，其中长江学者特聘教授4位和杰出青年基金获得者12位，成为科研中坚力量。

科研基地建设方面，医院年均投入上千万元，建成占地近100亩、建筑面积28000平方米的科研基地，拥有29个中心开放实验室和73位高级职称专职科研人才。基地提供先进的仪器设备和开放共享平台，为科学研究提供了理想环境。

学科交叉发展是华西医院的特色。医院利用丰富的临床病种资源和标本库，推动临床研究、临床与基础结合研究及基础研究。例如，刘进教授领导的麻醉与危重医学科研团队，整合麻醉科、药学院等多学科力量，近5年发表SCI论文11篇。张思仲教授团队在医学遗传学领域承担多项国家级课题，近5年发表SCI论文30余篇。魏于全院士领导的人类疾病生物治疗研究中心，在PNAS、Nature Medicine等期刊发表SCI论文23篇，合计影响因子92。

未来五年，华西医院的目标是建设国内一流、国际知名的研究型医院，聚焦基因组与蛋白质组、重大疾病分子机制、肿瘤生物治疗、神经疾病与麻醉学、干细胞与组织工程等10个特色研究方向，成为国家医学科技创新基地和成果转化中心。