2006年，北京大学医学部（含附属医院）在科研创新方面取得显著成果，共申报专利45项，其中发明专利44项，实用新型1项。最终获得国内专利授权23项，全部为发明专利。以下为具体授权项目（数据截止至2007年1月）：
基础医学院（4项）
《人的肿瘤-睾丸抗原HCA587的抗原决定簇多肽及其用途》——发明人：陈慰峰等；专利权人：北京大学
《一种重组蛋白质》——发明人：陈慰峰等；专利权人：北京大学
《具有骨骼肌刺激活性和免疫调节作用的趋化素样因子超家族》——发明人：韩文玲等；专利权人：北京大学
《一个人肝癌相关基因及其编码产物与应用》——发明人：周柔丽等；专利权人：北京大学
药学院（11项）
《一组具有抗神经细胞凋亡功效的化合物》——发明人：姜勇、屠鹏飞；专利权人：北京大学
《一种有机残留物的检测方法》——发明人：屠鹏飞等；专利权人：北京大学
《甘草苷在制备预防和或治疗抑郁症药物中的应用》——发明人：郭洪祝等；专利权人：北京大学
《具有抗HIV-1活性的异喹啉新化合物》——发明人：杨铭等；专利权人：北京大学
《具有镇痛作用的新型单哌嗪季盐类化合物》——发明人：李润涛等；专利权人：北京大学
《抗炎、抗肿瘤和抗血栓形成作用苯并异硒唑衍生物及其应用》——发明人：曾慧慧；专利权人：北京大学药学院
《苯丙异硒唑衍生物的免疫调节和生物治疗作用》——发明人：曾慧慧；专利权人：北京大学药学院
《双苯并异唑酮类化合物及其合成和应用》——发明人：曾慧慧；专利权人：北京大学
《含去甲基斑鳌酸根（DCA）的铜（Ⅱ）镓（Ⅲ）及稀土离子（Ln3+）混配配合物（ML（DCA））的抗癌抗炎活性》——发明人：李荣昌、尹富玲；专利权人：北京大学
《一类具有抗肿瘤活性的果糖螺环类化合物》——发明人：李中军等；专利权人：北京大学
《一种医用棉织物防护隔离材料及其制备方法》——发明人：杨晓达；专利权人：北京大学
公共卫生学院（3项）
《五指毛桃在制备肝炎的辅助治疗药物和保健食品中的用途》——发明人：张宝旭等；专利权人：北京大学医学部
《盐酸地尔硫卓在制备解毒剂中的用途》——发明人：张宝旭、阮明；专利权人：北京大学医学部
《姜黄素在制备治疗肺病的药物中的用途》——发明人：张宝旭；专利权人：北京大学
北京大学人民医院（3项）
《促进周围神经修复的药物》——发明人：姜保国等；专利权人：北京大学人民医院
《含促进周围神经再生物质的人工周围神经》——发明人：姜保国等；专利权人：北京大学人民医院、中国纺织科学研究院
《一种人工生物套管及其制造方法》（该发明专利已成功转让）——发明人：姜保国等；专利权人：中国防治科学研究院、北京大学人民医院
北京大学第三医院（1项）
《体内可吸收性脊柱融合器》——发明人：王身国、陈仲强等；专利权人：中国科学院化学研究所、北京大学第三医院
肿瘤医院（1项）
《作为VEGF受体KDR拮抗剂的肽》——发明人：寿成超等；专利权人：北京肿瘤研究所