胃酸返流可能引起偏头痛发作，因此更好地控制此症状可能减轻患者偏头痛。美国哈佛大学医学院的Egilius L.H. Spierings在2002年9月的《头痛》杂志（Cephalalgia 2002;22:555-556）上报告了两例长期偏头痛合并胃食管返流症的患者。胃酸返流通常引起胃灼热等症状，但在这两位患者中，胃酸返流导致牙齿和牙龈敏感，进而触发偏头痛。Spierings指出，胃酸返流引起上牙龈的疼痛放射到颊部，再从颊部放射到眼部，这是偏头痛的常见位置。

其中一位患者是中年男性，从19岁起每月偏头痛发作7次，且左侧大脑受累，对药物抵抗性更强。左侧偏头痛起源于左侧牙龈、颊部和眼部，患者左牙龈有触痛，对温度变化敏感。他还有多年的胃酸返流症状。报告显示，单纯增加他现有的抗酸药物（质子泵抑制剂）剂量，就平抑了牙龈痛，也减少了左侧偏头痛发作的频率。同样的方法对第二位患者也有效，她是一位老年女性，患有起源于上牙的右侧偏头痛。

Spierings认为，这两位患者头痛症状的明显改变证实了胃酸返流是偏头痛的一个触发因子。如果真是如此，那么质子泵抑制剂可能具有某种不为人知的抗偏头痛能力。但他也表示，“我认为这种可能性很小”。