转基因植物对病虫有抵抗能力，但有时不稳定且不可预测。差异的原因是：被转入的单基因和多基因拷贝数不同；无性系变异，或生物工程植物间表型不同；转基因的插入位点；和RNA在寄主植物中沉默。

比利时Katholieke大学的Katleen M.J.Butaye 和其同事回顾了“减少转基因植物表达差异的途径”的一些技术。这篇文章近期刊登在分子育种杂志上。

其他的技术有：应用新基因盒、病毒抑制子基因以及理想的基因工程工具，如人造植物染色体等。