生物的分类往往能够传递有关致病生物的生化和代谢的重要信息。例如，导致艾滋病患者和免疫力低下个体死亡的机会病原体肺孢子虫之前被错误地归类为锥虫的一种，现在已知它是一种真菌，这意味着治疗它引起的疾病需要采取不同的治疗策略。

另一个例子是疫霉——马铃薯晚疫病的罪魁祸首，曾在19世纪导致爱尔兰大饥荒，现在知道它不是一种真菌，这就解释了为什么杀真菌剂对它束手无策。第三个例子是疟原虫，现在知道它与光合生物具有共同的祖先，并具有退化的叶绿体——顶体 plastid（apicoplast）。这些信息为开发新的药物奠定了基础。

新的分类方法将生物分为6种主要类别，而不是之前的4个界。这些类别分别为后鞭毛生物（Opisthokonta）、阿米巴虫（Amoebozoa）、盘旋生物（Excavata）、根足生物（Rhizaria）、古叶绿体生物（Archaeplastida）和色藻界（Chromalveolata）。后鞭毛生物包括动物、真菌、领鞭虫和中真菌动物门；阿米巴虫包括大部分传统的阿米巴虫、粘菌、有壳阿米巴、一些变形鞭毛虫和几个没有线粒体的物种；盘旋生物包括氧单胞体、副基体虫、双滴虫类和其他几个异养鞭毛虫属以及眼虫藻和异鞭藻；根足生物包括有孔虫类、大多数放射虫和具有丝状伪足的网状真菌；古叶绿体生物包括蓝藻门、红藻、绿藻和植物界；色藻界包括顶复门、隐藻、颗石藻和不等鞭毛类。