NTSYS-PC（Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System）是一款广泛应用于生物学、生态学及遗传学领域的数值分类与多元分析软件，尤其适用于分子标记数据的聚类分析和遗传相似度计算。本文详细介绍了利用NTSYS-PC进行数据矩阵构建、系统树生成及遗传相似度表导出的完整流程，适用于AFLP、RAPD、SSR等分子标记数据的分析。

1. 数据矩阵构建

在Excel中按以下规则输入数据：A1单元格输入“1”（表示有带记为1），B1输入“13”（扩增总条带数），C1输入“7”（样本数），D1输入“0”（无带记为0）。第二行输入样本名称，从第三行开始，A列输入引物名称。示例如下图：

输入完成后，将文件另存为“Microsoft Excel 5.0/95工作簿”格式（.xls）。

2. 系统树（聚类图）生成

打开NTSYS-PC程序，依次点击：

（1）Similarity → 出现界面后，点击Qualitative data，弹出对话框。

（2）在对话框中，点击Input file，选择之前保存的Excel文件；点击Out file，输入输出文件名（例如“A”）；然后点击Compute按钮，计算相似性矩阵。

（3）点击Clustering，出现聚类分析界面。

（4）点击SHAN（层次聚类），在弹出窗口中：点击Input file，选择上一步生成的文件“A”；点击Out file，输入输出文件名（例如“B”）；点击Compute按钮，生成聚类结果。

（5）点击Graphics → Tree plot，在界面中：点击Input file，选择文件“B”；点击Compute按钮，即可显示聚类树状图。

3. 遗传相似度表生成

点击File → Edit file，打开之前生成的文件“A”；然后点击Compute按钮，即可得到遗传相似度矩阵表。

NTSYS-PC功能强大，除聚类分析和遗传相似度计算外，还支持主成分分析（PCA）、多维标度分析（MDS）等多元统计方法。用户可根据研究需要进一步探索其他功能。如有疑问，欢迎交流讨论。