在12月19日出版的Science杂志上，麻省理工及Koch研究所，生物学系，  白头研究所生物医学研究中心，萨克研究Crick-Jacobs中心的科学家研究发现基因组序列上的启动子区域存在多样的分支转录现象。

对大部分的基因来说与RNA聚合酶II相连的转录起始位点都被认为是单向性的。在本研究中，麻省理工等处的研究小组找出充足的证据证实编码蛋白的基因启动子区存在有分支转录的现象。转录起始位点与RNAs相连的区域（Transcription  start  site-associatied  RNAs,TSSa-RNAs）非随机地从侧面激活启动子，在活性高峰期，反义与正义短RNAs各自位于TSSs（转录起始位点）的上游250个核苷酸的位置和TSSs下游50个核苷酸的位置。用Northern杂交技术分析显示，TSSa-RNAs是一类长度在20-90nt大小的RNA子群。启动子相关的RNA聚合酶II与H3K4-trimethylated  histone以及转录起始标志（Transcription  initiation  hallmarks）都共同定位于正义和反义TSSs-RNA区；然而，H3K4-trimethylated  histone延伸的特殊RNA聚合酶II只存在于TSSs的下游。

这些研究结果表明，启动子活性区域短距离内存在分支转录现象，这一现象可能有助于启动子区域维持平衡，确保次级调节活性。