如果我国允许转基因水稻商业化种植，国家主要粮食作物的控制权可能受到威胁。我国将面临比阿根廷、巴西和美国更严峻的境遇，因为大豆并非他们的主要粮食，而水稻是我国的主粮。

绿色和平组织与第三世界网络组织于2月25日发布报告《谁是中国转基因水稻的真正主人》，指出我国目前的转基因水稻品种均涉及多项国外专利，若商业化审批通过，粮食控制权、经济利益及农民生计可能受国外生物公司威胁。调查显示，三种待审批的转基因水稻至少涉及5至12项国外专利，另外五种在研品种也各有至少10项国外专利，持有人包括拜耳、孟山都等跨国农化公司。

绿色和平组织食品与农业项目主任方立锋表示，研发转基因作物常依赖标准化技术和方法，国外机构已申请至少59项相关专利。2008年7月，国务院审议通过转基因生物新品种培育科技重大专项，计划至2020年投入200亿元支持自主知识产权成果。北京农学会秘书长袁世畴认为，当前申请商业化种植的转基因水稻专利多属国外公司，与政策相悖，不应批准。

转基因水稻的优势在于抗虫和抗除草剂，但在我国精耕细作模式下，BT转基因水稻的抗虫作用有限；CpTI转基因水稻的抗除草剂优势也因除草剂致癌物限制而难以发挥。袁世畴指出，尚无转基因水稻超越我国超级稻和杂交水稻的产量与品质，且待审批品种多为国内院所与国外机构合作，学者热衷或受利益驱使。

种植转基因水稻存在基因污染风险，如种子溢出、花粉漂移等。方立锋提到，转基因污染可能导致非转基因种植者被专利持有人起诉。在美国，孟山都公司雇用调查机构起诉约100名农民；在阿根廷，其转基因大豆占种植面积99%。中国人民大学周立副教授警告，若我国允许转基因水稻商业化，主粮控制权将受威胁，情况比阿根廷等国更严峻。

华中农业大学研究员林拥军则认为污染担忧多余，引用复旦大学实验：传统水稻与转基因水稻间隔100米，一个生长期后未发现污染，因水稻为自花授粉作物。目前，华中农业大学研发的BT转基因水稻已提交安全数据，等待商业化审批，但七年未获批复。

方立锋指出，商业化后大米价格必然上涨，国外专利持有人将收取技术费，禁止农民留种，迫使其每季购买高价种子。美国农业部数据显示，1997至2006年，玉米种子成本从20.71美元涨至40.47美元，大豆从19.72美元涨至34.06美元，棉花从17.63美元涨至61.69美元；传统种子供应缩减50%。孟山都2009年第一季度利润上升18%。方立锋建议暂停转基因水稻商业化，将资金投入传统育种、现代生态农业等有效技术。

林拥军强调，转基因水稻商业化不会影响粮食控制权，因专利有地域性和时效性限制，国外公司尚未在我国申请相关专利保护。