◇柠檬酸循环（citric acid cycle）
也称为三羧酸循环(tricarboxylic acid cycle)，Krebs 循环（Krebs cycle）。是用于乙酰CoA中的乙酰基氧化生成CO2的酶促反应的循环系统，该循环的第一步反应是由乙酰CoA和草酰乙酸缩合形成柠檬酸。
◇回补反应（anaplerotic reaction）
酶催化的补充柠檬酸循环中间代谢物的供给的反应，例如由丙酮酸羧化生成草酰乙酸的反应。
◇乙醛酸循环（glyoxylate cycle）
是某些植物、细菌和酵母中柠檬酸循环的修改形式，通过该循环可以由乙酰CoA经草酰乙酸净生成葡萄糖。乙醛酸循环绕过了柠檬酸循环中生成两个CO2的步骤。
◇呼吸电子传递链（respiratory electron-transport chain）
由一系列可作为电子载体的酶复合体和辅助因子构成，可将来自还原型辅酶或底物的电子传递给有氧代谢的最终电子受体分子氧（O2）。
◇氧化磷酸化(oxidative phosphorylation)
电子从一个底物传递给分子氧的氧化与酶催化的由ADP和Pi生成ATP的磷酸化相偶联的过程。
◇化学渗透理论(chemiosmotic theory)
一种学说，主要论点是底物氧化期间建立的质子浓度梯度提供了驱动由ADP和Pi形成ATP的能量。
◇解偶联剂（uncoupling agent）
一种使电子传递与ADP磷酸化之间的紧密偶联关系解除的化合物，例如2,4-二硝基苯酚。
◇P/O比(P/O ratio)
在氧化磷酸化中，每1/2O2被还原时形成的ATP的摩尔数。电子从NADH传递给O2时，P/O比为3，而电子从FADH2传递给O2时，P/O比为2。
◇高能化合物(high energy compound)
在标准条件下水解时自由能大幅度减少的化合物。一般是指水解释放的能量能驱动ADP磷酸化合成ATP的化合物。
◇叶绿体（chloroplast）
藻类和植物中含有叶绿素进行光合作用的器官。
◇叶绿素（chlorophyll）
光合作用膜中的绿色色素，它是光合生物中主要的捕获光的成分。
◇辅助色素（accessory pigments）
在植物和光合细菌中象类胡萝卜素、叶黄素和藻胆（色）素那样吸收可见光的色素，这类色素是对叶绿素捕获光能的补充。
◇光合作用(photosynthesis)
绿色植物或光合细菌利用光能将CO2转化成有机化合物的过程。
◇光合磷酸化(photophosphorylation)
在叶绿体ATP合成酶催化下依赖于光的由ADP和Pi合成ATP的过程。
◇光反应(light reactions)
光合色素将光能转变成化学能并形成ATP和NADPH的过程。
◇暗反应(dark reactions)
利用光反应生成的ATP和NADPH的化学能使CO2还原成糖或其它有机物的一系列酶促过程。
◇Calvin 循环（Cavin cycle）
也称之还原戊糖磷酸循环（RPP cycle: reductive pentose phosphate cycle），C3途径（C3 pathway）。在光合作用期间，将CO2还原转化为糖的反应循环。是植物用于固定二氧化碳生成磷酸丙糖的循环途径。
◇C4途径（C4 pathway）
一些植物中固定碳的途径，其特点是通过使CO2浓缩减少光呼吸。在该途径中，在叶肉细胞CO2被整合到C4酸中，然后C4酸在维管束鞘细胞被脱羧，释放出的CO2被Calvin 循环利用。
◇光呼吸（photorespiration）
植物依赖光摄取氧进行磷酸乙醇酸代谢的过程。光呼吸之所以发生是由于O2可以与CO2竞争核酮糖-1,5-二磷酸羧化氧化酶的活性部位。