动物检疫实验室是专门从事动物传染病、寄生虫病病原学、免疫学、酶学、血清学、分子生物学及生物化学诊断的场所。这类实验室常涉及多种病原微生物，部分可感染人类，若控制不当，不仅会导致检验结果失败，还可能污染环境、引发疫病暴发，甚至造成实验室人员感染。据统计，实验室感染中细菌占49.1%，病毒占31.6%，立克次氏体占11.3%，真菌占5.7%，寄生虫占2.3%。因此，为确保检验结果准确并防止病原扩散，动物检疫实验室必须满足严格的设计与安全要求。

实验室设计需符合安全规范。从事高危险性病原微生物工作的实验室，建筑周围应设置宽60厘米、深60厘米的防鼠沟，防止野生啮齿动物进入。实验动物房需严防动物逃逸，门窗应严密，笼具和房门需加锁，尤其对禽类和猴类动物需加强防护。动物房还应配备排气消毒设施、高压灭菌装置、独立污水处理系统及动物焚尸炉，用于处理动物尸体和强毒实验室废弃物。

无菌室是进行无菌操作的核心区域，应设置在实验室最内侧，避免空气流动造成污染。除无菌室外，也可使用洁净工作台或无菌操作箱进行无菌操作。无菌操作室通常包括操作间、缓冲室和更衣间。操作间大小需适中；缓冲室用于保护无菌环境，防止空气对流，并可放置恒温培养箱、离心机等设备；更衣间用于更换隔离衣。进行强毒检疫时，应设置淋浴设施，进出均需淋浴以确保安全。由于无菌操作室密闭，温湿度及二氧化碳浓度较高，易滋生细菌且影响人员健康，因此需安装过滤空气的恒温恒湿调节器。

设计无菌操作室时需注意：1. 选择阴面位置，避免阳光直射导致温度升高；2. 天花板高度不超过2米，以保证紫外线灯消毒效果；3. 安装横拉门和双层密闭毛玻璃窗，防止空气流动；4. 天花板、地板和墙壁应光滑无死角，宜镶瓷砖或涂油漆，便于清洁消毒；5. 恒温恒湿调节器应采用空气室内回流并补充少量过滤新空气的系统。

目前，洁净工作台已普遍替代无菌操作室。洁净工作台具有使用方便、占用空间少、易于清洁消毒等优点，种类包括平行气流和垂直气流、整机和组合式、单人和双人操作等。其工作原理是通过鼓风机使高效过滤的空气形成无菌正压，防止外部有菌空气流入。使用时，周围应避免较大气流，并放置于清洁无尘房间，以防灰尘堵塞滤器，延长使用寿命。

从事水生动物检疫的实验室，除满足一般要求外，还需根据特点设置水族箱等设施。