动物检疫实验室是专门从事动物传染病、寄生虫病的病原学、免疫学、酶学、血清学、分子生物学及生物化学诊断的场所。这类实验室经常使用各种病原微生物，其中部分可感染人类，若控制不严，不仅可能导致检验结果失败或混淆，还可能污染环境、引发疫病暴发，甚至造成实验室人员感染。据统计，实验室感染的病原类型中，细菌占49.1%，病毒占31.6%，立克次氏体占11.3%，真菌占5.7%，寄生虫占2.3%。因此，为确保检验结果准确并防止自身感染及病原扩散，动物检疫实验室必须满足严格的设计与安全要求。

检疫实验室的设计必须符合安全标准。从事高危险性病原微生物工作的实验室，建筑周围应设置宽60cm、深60cm的防鼠沟，防止野生啮齿动物进入。实验动物房需严防动物逃逸，门窗应严密，动物笼和房门需扣死或加锁，尤其对禽类和猴类实验动物需有完善的防护措施。此外，实验动物房还应配备可靠的排气消毒设施、高压灭菌装置、独立的污水处理系统及专门的动物焚尸炉，用于处理动物尸体及强毒实验室内的一切垃圾。

无菌室是无菌实验操作的核心区域，应设置在实验室最内侧，以防止空气流动引起污染。除设置无菌室外，也可利用洁净工作台和无菌操作箱进行无菌操作。无菌操作室包括操作间、缓冲室和更衣间。操作室大小需适中；缓冲室用于保护无菌环境，避免空气对流导致外界空气直接进入，同时可放置恒温培养箱和离心机等仪器，使实验在相对无菌条件下完成；更衣间用于更换隔离衣。进行强毒检疫的实验应设置淋浴设施，进出均需淋浴以确保安全。由于无菌操作室密闭不透风，温湿度和二氧化碳浓度较高，易滋生细菌且影响工作人员健康，因此应安装过滤空气的恒温恒湿调节器。

设计无菌操作室时需注意以下几点：1. 为防止室内温度升高，应选择阳光不能直接照射的位置，最好设在阴面；2. 天花板高度不超过2m，以保证紫外线灯的有效消毒效果；3. 室内应防止空气流动，宜安装横拉门和双层密闭毛玻璃窗；4. 天花板、地板和四周墙壁应光滑无死角，宜镶瓷砖或涂油漆，便于清洁和消毒；5. 恒温恒湿调节器应采用空气室内回流并补充少量过滤新空气的系统。

目前，洁净工作台已普遍用于替代无菌操作室。洁净工作台具有使用方便、占用空间少、清理消毒方便等优点。其种类包括平行气流和垂直气流、整机和组合式、单人和双人操作等。工作原理是利用鼓风机使经高效过滤的空气徐徐通过台面，形成无菌的正气压，防止外界有菌空气流入，从而保证操作区无菌。使用时，周围应避免较大气流，最好将洁净台放置在清洁无尘的房间，防止灰尘堵塞滤器，延长使用寿命。

从事水生动物检疫的实验室，除符合一般要求外，还需根据其特点设置水族箱等设施。