国家科技重大专项是我国科技发展的重中之重，旨在通过核心技术突破和资源集成，实现国家目标。截至2009年底，16个重大专项已全部启动，涵盖信息、生物、能源环保、先进制造等领域，取得了一系列阶段性成果。

核心电子器件、高端通用芯片及基础软件产品（核高基）专项被誉为新时期“两件一芯”，重点攻克CPU和操作系统。2009年，我国首台千万亿次计算机“天河一号”研制成功，运行银河麒麟操作系统，位列国际超级计算机500强第五位。嵌入式CPU系列CK500/CK600性能与国际主流相当，形成同台竞争格局。

新一代宽带无线移动通信网专项推动TD-SCDMA技术演进，形成4G标准提案TD-LTE-Advanced，成为国际候选标准。TD产业链已涵盖200多家中外企业，并在多个国家和地区建立试验系统。

重大新药创制专项部署995项课题，取得8个新药证书，24个新药完成临床审批。重组幽门螺杆菌疫苗、盐酸安妥沙星等获新药证书，抗肿瘤药必特螺旋霉素等完成Ⅲ期临床。血脂康、希普林等创新药物获准在美欧开展临床试验。

艾滋病和病毒性肝炎等重大传染病防治专项中，中国第一代艾滋病疫苗——重组痘苗病毒(rTV)艾滋病疫苗完成Ⅱ期临床试验准备，预计2010年下半年开展试验。第二代DNA疫苗等创新工作顺利开展。新型乙型肝炎治疗性疫苗在Ⅱ期临床中显示满意疗效，Ⅲ期临床试验预计2010年底完成。

尽管取得显著进展，但我国科研基础薄弱，自主创新能力不足，管理体制和运行机制仍需完善。实现从“中国制造”向“中国创造”的转变，仍需长期努力。