诱导多能干细胞（iPS细胞）与胚胎干细胞（ES细胞）的等效性是一个长期以来备受关注的问题。尽管一些研究指出，与ES细胞相比，iPS细胞中有数百个基因表达异常，但iPS细胞已通过四倍体胚胎互补实验成功生成全为iPS细胞的小鼠，这表明其在发育潜力上与ES细胞相当。

为了更精准地回答这一问题，Stadtfeld等人对遗传上相同的小鼠ES细胞和iPS细胞的基因表达模式进行了系统比较。研究发现，两者在mRNA和microRNA的总体表达模式上几乎无法区分，但少数转录体以及由12qF1染色体上一个印记基因簇编码的少于20个microRNA存在差异。这些差异表明，iPS细胞的发育潜力可能与特定基因的沉默或活跃状态密切相关。