基因数据分析的主流软件(3)

        分析基因的表达调控区域：基因组中全部基因的表达，都遵循严整而精确的调控机制。基因的调控区域序列相关特征的深入分析，为全面了解基因的功能提供丰富的数据基础。  =  1  \*  GB2  ⑴脊椎动物的5’端的启动子周围是CpG岛，它是寻找基因的重要线索。EMBL提供的CpG岛的计算工具是：CpGPlot/CpGReport/Isochore。CpG  Island和CpG  promoter也是较为常用的工具。  =  2  \*  GB2  ⑵对基因的核心启动子、转录因子结合位点、转录起始位点的识别：可充分利用TRRD、TransFac、MIRAGE、EPD等在线基因调控区域的数据库；Softberry软件集团http://www.softberry.com/

推出的：BPROM、TSSP、TSSG、TSSW等软件也值得使用。  =  3  \*  GB2  ⑶预测转录终止的信息：使用的工具是Hcpolya。  =  4  \*  GB2  ⑷分析密码子的使用偏性：有DOS运行界面的CodenW、SYCO、CHIP、Codon  usage。  =  5  \*  GB2  ⑸分析限制性核酸内切酶位点：WEB  Cutter、CUTTER、TACG  interface、Watcut、NEB  cutter、Digest等。

        核苷酸序列综合分析软件：用户通常需要对目的基因进行多重分析，所以将序列拼接、基因序列的组分分析、编码区域预测、序列比对、引物设计、酶切位点预测等多项独立的分析加以整合的综合分析软件应运而生。目前有GeneBuilder、DNA  Tool、SEQ  tools、DNAssist、GeneTool、DNAman、DNA  Strider、p  DRAW32、gene-explorer等。GeneBuiler就是多模块单独执行功能的基因结构预测系统(Gene  Structure  Prediction  System)。

        新数据的获得驱动着软件的研发。目前现有的海量数据库，它们的质量和特征差异悬殊，仍需进行继续完善。London-based  online的出版商BioMed  Central的数据编辑Matthew  Day称：“目前还没有较为理想的公共数据库集合群，服务于所有不同研究领域生物学工作者。所有的数据都应具备友好的用户界面，并与期刊数据库相链接。那时每个生物学者都可以畅快淋漓地享受数据汪洋的航行。

        在基因组时代，那些小的实验室很容易感到滞后性。相比之下，规模较大的生物技术公司，现在仅在一个下午完成的工作，对于中型的实验室可能要耗费数月之久。但是生物信息软件技术将专业的数据分析知识和技术，全部压缩到密集的程序集中。事实证明，这些软件的应用前景将更加广泛，操作界面也日趋简化，运行的结果更易于注释。崭新的在线服务和软件产品，让枯燥无味的数据分析变得妙趣横生。 (责任编辑：泉水)

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