生物信息学之表观基因组学
表观基因组学是研究在不改变DNA序列的情况下,基因表达可遗传变化的学科。本文系统介绍了其核心研究内容,包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、染色质三维结构及非编码RNA等方向,并阐述了关键技术与分析方法,如ChIP-seq、ATAC-seq和DNA甲基化数据分析。表观基因组动态变化,在发育、疾病中起关键作用,为精准医学提供新视角。...
表观基因组学是研究在不改变DNA序列的情况下,基因表达可遗传变化的学科。本文系统介绍了其核心研究内容,包括DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重塑、染色质三维结构及非编码RNA等方向,并阐述了关键技术与分析方法,如ChIP-seq、ATAC-seq和DNA甲基化数据分析。表观基因组动态变化,在发育、疾病中起关键作用,为精准医学提供新视角。...
中国科学院微生物研究所杨克迁课题组通过Biosensor技术平台和改进的ChIP-seq方法,系统解析了链霉菌的调控网络,发现多种新型转录抑制因子及调控通路,阐明了信号分子对代谢和应激反应的调控机制,为细菌调控系统的研究提供了新视角。...
约翰霍普金斯大学计宏凯博士等在PNAS发表研究,提出dPCA方法用于ChIP-seq数据分析。该方法整合无监督模式发现、降维和统计推断,能有效解析不同生物条件下的蛋白-DNA相互作用动态变化,为基因调控研究提供新工具。...
美国加州大学旧金山分校格拉斯通研究所的研究人员利用干细胞技术、下一代DNA测序和计算工具,绘制出心脏细胞发育成心脏的基因组蓝图。该研究揭示了上百个基因开关的精确开闭次序,鉴定出许多参与心脏形成的新基因,并阐明了它们与已知基因的相互作用。这些发现为理解先天性心脏病的遗传基础提供了新见解,并为开发相关疗法奠定了基础。...
美国格莱斯通研究所的科学家利用干细胞技术、新一代DNA测序和计算工具,揭示了胚胎心脏细胞发育成功能心脏所需的遗传开关的精确顺序和计时。研究发现了心脏形成过程中基因群的协调作用,并确定了大量与心脏形成相关的新基因及其与已知基因的相互作用。这些发现为理解先天性心脏病的遗传基础提供了新线索,有望推动预防和治疗方法的开发。...
近期Nature与Cell两大期刊分别发表心脏分子机理研究:一项利用人胚胎干细胞培养的心肌细胞移植到心肌梗塞豚鼠模型中,显著降低心律失常并改善心脏功能;另一项通过小鼠胚胎干细胞模拟发育,利用ChIP-seq技术揭示心脏发育所需的数百个遗传开关的精确时序,为先天性心脏病治疗提供新线索。...
中科院北京基因组研究所与华盛顿大学合作,利用ChIP-Seq技术绘制了12种正常细胞和7种肿瘤细胞的CTCF结合图谱,发现64%的结合位点具有细胞特异性,且41%的差异结合位点与DNA甲基化状态相关。该研究揭示了CTCF结合与DNA甲基化的动态关系,为理解基因调控和肿瘤发生提供了新视角。...
中科院北京基因组研究所与华盛顿大学合作,利用ChIP-Seq技术绘制了12种正常细胞和7种肿瘤细胞的CTCF结合图谱,发现64%的结合位点具有细胞特异性,且41%的差异结合位点与DNA甲基化状态相关。该研究揭示了CTCF结合与DNA甲基化的相互关系,为理解基因调控和肿瘤发生提供了新视角。...
我国科学家首次利用ChIP-seq技术绘制了雄激素受体在小鼠附睾中的全基因组结合位点图谱,鉴定出19377个结合位点,关联8190个靶基因,揭示了AR在生理条件下的调控网络,为理解雄激素作用机制提供了新见解。...
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一项发表于《自然》杂志的新研究揭示,人脑皮...
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