根据自然出版集团统计的过去12个月内在《自然》杂志及其子刊系列上的发文数量，中国科学院共发表140篇论文，超过日本东京大学，位列亚洲机构第一位。这是自自然指数统计以来，中国科研机构首次排名第一。目前2012年全球自然指数尚未公布，参考2011年数据，中科院可排在全球第7位，有望成为中国第一个晋级全球前十的科研机构。

中国的科研机构及高校在2012年的自然指数中普遍有快速提升。除中科院外，前50名中还有中国科学技术大学（第8）、清华大学（第9）、北京大学（第12）等学校入榜。

据笔者观察，由于署名方面的不明确，新成立的中国科学院大学（原中科院研究生院）自然指数仅为1.63（17篇），按此数值将排在亚洲第70位左右，与其研究实力严重不符。为此，笔者建议中科院相关领导出台政策，规范中科院大学的论文署名，指导中科院系统内的硕士、博士生导师在发表论文时也署名中国科学院大学。

以下为2012年自然指数亚洲太平洋地区机构排名（部分）：

1. 中国科学院 (CAS), 中国 40.87 140篇

2. 东京大学, 日本 39.05 117篇

3. 京都大学, 日本 22.69 56篇

4. 理化学研究所 (RIKEN), 日本 19.88 81篇

5. 大阪大学, 日本 15.52 49篇

6. 墨尔本大学, 澳大利亚 10.82 48篇

7. 名古屋大学, 日本 10.48 29篇

8. 中国科学技术大学, 中国 9.85 20篇

9. 清华大学, 中国 9.37 32篇

10. 东北大学, 日本 9.25 29篇

11. 新加坡国立大学 (NUS), 新加坡 9.00 50篇

12. 北京大学, 中国 7.77 28篇

13. 产业技术综合研究所 (AIST), 日本 7.26 22篇

14. 新加坡科技研究局 (A*STAR), 新加坡 6.86 42篇

15. 上海交通大学, 中国 6.56 37篇

16. 澳大利亚国立大学 (ANU), 澳大利亚 6.26 20篇

17. 华大基因 (BGI), 中国 6.09 21篇

18. 昆士兰大学, 澳大利亚 5.93 42篇

19. 九州大学, 日本 5.71 18篇

20. 延世大学, 韩国 5.57 16篇