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灰度值差异很大，这是肯定的，但是你也可以将目的条带和你的内参进行对比，每次都是一个相对的值，这样就不会受到灰度值差异的影响了。还可以将contol作为1，其余的以比值表示，这样也可以将灰度值化为比值，反正就是设立内参照，避免出现绝对灰度值即OK！
三次独立的实验应该是从处理开始就完全独立的，而不是同一批次蛋白做三次western blot，在其中选出最具有代表性和能够说明问题的图片作为文章的图片，而最后形成的柱状图则是三次结果的统计处理后的结果，需要附加标准差的。

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