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鼠疫是一种自然疫源性疾病，主要在野生啮齿动物和跳蚤中传播，偶尔通过跳蚤传播给人类。如果治疗不及时，鼠疫可导致肺鼠疫，并在人与人之间传播，是一种非常烈性的传染病。

历史上曾有三次鼠疫大流行。中世纪的黑死病导致了非洲近五分之二到五分之三的人死亡，改变了整个人类文明的进程。目前，鼠疫在全球分布广泛，我国15%的国土面积是鼠疫疫源地。

通过基因组学方法的研究，科学家们发现鼠疫菌有一个已知的进化祖先——假结核耶尔森菌。在进化到鼠疫菌的过程中，获得了两个质粒，这两个质粒赋予了鼠疫菌新的致病特性，同时还导致了很多基因方面的变化。

研究人员通过全基因组测序找到与致病基因相关的片段，开展了基因组学对比的研究，并对全球鼠疫菌进行了全基因组SNPs扫描分析。结果首次用基因组的方法摸清了历史上全球鼠疫传播的规律，确定中国可能是鼠疫的发源地。

此外，研究人员建立了鼠疫菌基因多态性数据库，用于对疾病的溯源，并证实了环境因子对鼠疫菌进化的影响。