对于面临罕见且未确诊神经发育疾病的家庭而言,获取明确的分子遗传学诊断往往需要经历长达数年的拉锯过程。尽管高通量全外显子测序技术(WES)已广泛应用于临床遗传检测,但在海量罕见变异中精准识别具有致病活性的突变位点,仍是当前临床基因组学面临的核心瓶颈。
近日,由美国贝勒医学院(Baylor College of Medicine)、得克萨斯儿童医院邓肯神经学研究所(Duncan NRI)以及得克萨斯外显子组计划(Texome Project)组成的多中心联合团队取得突破。他们发现BRSK1基因的罕见变异是一类此前未被阐明的复杂神经发育综合征的致病元凶。这项发表在国际顶尖遗传学期刊《美国人类遗传学杂志》(American Journal of Human Genetics)上的研究,展示了前沿人工智能预测算法与经典模式生物功能验证相结合解析人类基因组致病突变的范式。
该研究始于Texome Project收录的一名儿科患者。该公益项目旨在为医疗资源欠缺的家庭提供免费的全基因组检测,但最初的标准家系外显子测序(Trio-WES)未能获得确切的分子诊断线索。为了打破诊断僵局,研究团队引入了专为致病变异优先级排序开发的机器学习工具AI-MARRVEL。该系统通过深度整合多组学数据库、患者临床表型及模式生物功能注释数据,精准筛选出BRSK1基因上的一个罕见错义突变为首要致病候选位点。
随后,研究人员依托全球罕见病数据库GeneMatcher发起跨中心合作检索,在世界范围内迅速锁定了来自7个不相关家系的10名携带BRSK1罕见变异的患者。临床表型分析显示,所有患者均表现出不同程度的全面发育迟缓(Global Developmental Delay),但具有极高的表型变异度(variable expressivity)。具体临床特征包括言语与表达性语言障碍、智力发育迟缓、自闭症谱系表型、注意力缺陷多动障碍(ADHD)、肌张力低下以及头围偏小的微头畸形,其中2例患者还伴有癫痫发作。即便在携带相同变异的同一家系内部,症状严重程度也存在从轻微认知障碍到重度神经功能缺损的显著差异。
在生物化学机制层面,BRSK1编码一种丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶,已知其在调控神经元极化、突触形成及神经元间通信中发挥核心作用。为明确患者来源突变对蛋白活性的具体影响,团队构建了黑腹果蝇(Drosophila melanogaster)功能缺失模型。研究靶向了BRSK1在果蝇中的直系同源基因sff(sugar-free frosting)。在成熟神经元中特异性敲除sff会导致果蝇运动协调能力下降、寿命缩短,并对热诱导麻痹和癫痫诱发刺激高度易感。
实验表明,表达野生型人源BRSK1可完全挽救果蝇的运动及神经电生理缺陷,证实了该基因在进化上的功能保守性;而转入患者来源的突变型BRSK1时,突变体仅能部分恢复缺陷表型。这证实了患者所携带的变异属于亚态突变(hypomorphic allele),即导致了蛋白质功能的部分丧失而非完全敲除。亚细胞机制解析进一步揭示,BRSK1激酶活性的降低导致微管组织相关蛋白水平异常上调,引起轴突和树突的微管支架失衡,并在神经肌肉接头处诱发突触终末的异常过度生长。
微管动态失衡与突触超微结构异常是多种中枢神经系统发育障碍的共性机制。该研究不仅为多年求医无门的患病家庭提供了明确的基因诊断闭环,将BRSK1正式纳入神经发育筛查的基因面板,更验证了“AI候选预测+果蝇模型快速功能验证”在罕见病分子病理学研究中的巨大转化价值。
Mingxi Deng, et al. Rare variants in BRSK1 cause a neurodevelopmental disorder characterized by developmental delay, microcephaly, and variable expressivity. American Journal of Human Genetics (2025).
Source: Baylor College of Medicine / Texas Children’s Hospital
