沉默基因簇中挖掘出全新分子:黏球菌糖酰胺首获全合成,锁定抗癌靶点AKR1C3
时间:2026-10-30 11:05 来源:Angewandte Chemie Internationa 作者:Tingting Wang, Alexa 点击:次
在土壤微生物的基因组中,潜藏着大量在常规培养条件下保持沉默的 biosynthetic gene cluster(生物合成基因簇)。德国亥姆霍兹药物研究所(HIPS)与亥姆霍兹感染研究中心(HZI)的联合团队,正是从这类“沉睡”的基因资源中,挖掘出一类此前从未被描述过的天然分子——黏球菌糖酰胺(myxoglucamides)。相关成果以两篇论文形式发表于《Angewandte Chemie International Edition》,分别解析了其生物合成机制与人类蛋白靶点。 激活沉默基因簇:从“看不见”到“拿得到”黏球菌糖酰胺由黏细菌(myxobacteria)产生。这类土壤微生物素以合成结构多样、生物活性丰富的次级代谢产物而著称。然而,目标基因簇在天然状态下几乎不表达,产物产量极低,常规发酵难以获得足量样品。HIPS“次级代谢产物基因组挖掘”青年研究组组长 Chengzhang Fu 博士团队利用现代遗传操作手段,选择性地激活了该沉默生物合成通路,才使分子得以被生产并检测到。 结构解析显示,黏球菌糖酰胺的化学骨架颇为特殊:它把来源于糖、脂质和氨基酸的分子模块,以一种不同于以往任何已知天然产物的方式拼接在一起。这种“混搭”式结构提示,沉默基因簇所编码的酶系统可能执行着非常规的催化逻辑。 为此,团队进一步锁定负责合成的生物合成基因簇,并逐步追踪其生化反应过程。分析揭示了一条此前未知的途径:多种酶以出人意料的顺序协同工作,最终装配出该分子标志性的化学结构。该发现由 HIPS 科学主任、微生物天然产物系主任 Rolf Müller 教授领衔的团队完成。Fu 博士指出:“黏球菌糖酰胺的发现凸显了微生物沉默生物合成基因簇中仍隐藏着多么巨大的化学潜力。通过选择性激活并解析这些生物合成途径,我们能够获得全新的天然产物。”这一策略也为在其他微生物基因组中定位“隐形”天然产物提供了可借鉴的范式。 全合成与靶点鉴定:从“有分子”到“有靶点”由于细菌天然产量微乎其微,研究团队必须另辟蹊径获取足量材料用于生物学测试。在第二项研究中,他们实现了 myxoglucamide A 的首次全实验室合成,不仅解决了样品供应问题,还使研究者能够制备一系列化学修饰的衍生物。 关键结果随之出现:部分合成衍生物与一种名为 AKR1C3 的人类蛋白结合强度显著高于原始分子。研究团队采用能够系统性鉴定化合物与哪些细胞蛋白相互作用的方法(活性蛋白质谱分析,activity-based protein profiling),最终确认 AKR1C3 是黏球菌糖酰胺的主要结合靶点。 AKR1C3 属于醛酮还原酶家族,参与某些激素及炎症信号分子的生成;同时在多种癌症中过度表达,并可促进肿瘤细胞生长。从药物开发角度看,这一靶点具有明确的相关性。但研究者强调,结合靶点并不等同于产生强效抗癌活性——实验并未证实黏球菌糖酰胺能显著抑制癌细胞生长。 HZI“化学生物学”系主任 Mark Brönstrup 教授对此评论道:“尽管我们未能证明黏球菌糖酰胺对癌细胞生长有强烈作用,但这项研究仍然表明,那些没有立竿见影生物学效应的天然产物,同样可以作用于人体内高度相关的靶点。这正是发现创新药物开发新概念的巨大潜力所在。”换言之,以靶点结合而非表型效应为导向的筛选逻辑,可能让更多“看似无用”的天然分子重新进入药物发现的视野。 综合来看,这两项研究串联起“基因组挖掘—结构解析—全合成—靶点鉴定”的完整链条:一方面证明了沉默基因簇是新颖化学结构的富矿,另一方面也提示,天然产物的价值评估不应止步于初步的细胞表型实验。后续研究需进一步优化衍生物结构,验证其对 AKR1C3 酶活性的抑制能力及在肿瘤模型中的实际效果。 Journal References: “Atypical Condensation Domains Guide Discovery and Illuminate Biosynthesis of Myxoglucamides Featuring Vinyl-Substituted, α-Oxidized γ-Amino Acids” by Tingting Wang, Alexander Popoff, Maja Hunter, Guangzhi Dai, Ronald Garcia, Huixin Xu, Haowen Zhao, Asfandyar Sikandar, Liujie Huo, Rolf Müller and Chengzhang Fu, 7 August 2026, Angewandte Chemie International Edition. DOI: 10.1002/anie.6995139 “Synthesis and Activity-Based Protein Profiling Identifies Aldo-Keto Reductase 1C3 as Target Protein of Myxoglucamides” by Thomas Siemon, Vivek K. Mishra, Mingming Zhao, Konrad Büssow, Alexander Popoff, Chengzhang Fu, Rolf Müller, Lothar Jänsch, Wulf Blankenfeldt and Mark Brönstrup, 10 August 2026, Angewandte Chemie International Edition. DOI: 10.1002/anie.6489568 |