日本对转基因农作物的安全管理体系严格且多层次，涉及环境安全、食品安全和饲料安全等多个方面。本文详细介绍了日本在转基因作物管理上的法规、公众宣传及标识制度。
一、日本转基因作物的基本情况
日本在植物育种中广泛应用现代生物技术。为保证农业转基因生物（GMO）的环境安全，农林水产省（MAFF）于1989年发布了环境安全评价指南，要求申请人对GMO进行潜在环境风险评估。若评估通过，可进行田间试验。日本首例通过环境安全评价的是转基因抗病毒番茄，至今已有60例转基因植物获批，包括日本公司、研究机构及国外公司的产品。目前，日本仅批准了转基因康乃馨的商品化种植。
为保障人类健康，厚生省于1991年发布了转基因食品安全评价指南（试行），2001年4月起正式实施。截至2001年8月，有35种转基因作物通过食品安全评价，29种通过饲料安全评价，这些作物均来自外国公司。一种转基因产品若同时通过环境安全评价和食品安全评价（或饲料安全评价），则允许在日本商品化应用。
日本是全球最大的食品进口国，每年从美国和加拿大进口大量谷物和大豆。由于美加两国转基因与非转基因作物未分开贮运，日本进口的多数玉米、大豆可能含有转基因成分。随着美加转基因作物面积扩大，进口食品和饲料中转基因成分的可能性增加。
消费者对转基因食品安全的关注日益增加，农林水产省因此加强生物技术宣传。受Starlink事件等影响，日本公众对未经审批的GMO品种混杂问题高度关注。2001年4月，日本对部分转基因食品实施强制性标识制度。
二、转基因作物、食品与饲料的安全评价
转基因作物的安全评价遵循分步原则，依据各职能部门法规或指南进行。
1. 环境安全评价与管理
育种者根据农林水产省指南申请田间试验，进行环境安全评价。评价分两步：隔离条件下试验和环境释放试验，旨在确保转基因作物不对环境产生负面影响。目前，已有34种本国研制的转基因作物和26种进口作物获批田间试验。尽管指南无法律强制性，但所有研究者与企业均严格遵守。
2. 食品安全评价与管理
厚生省依法实施食品和食品添加剂的安全评价，相关条款自2001年4月1日起实施。目前，已有35种食品和7种食品添加剂通过安全评价。
3. 饲料安全评价与管理
目前，29种转基因作物通过饲料安全评价。根据农林水产省指南，相关公司需提供必要资料。此前评价为自愿性质，但受Starlink事件影响，自2001年4月起，转基因饲料安全评价纳入《饲料安全保障与质量改进法》强制执行。
三、生物安全的公众宣传
1. 消费者对转基因产品的反应
尽管日本政府进行安全评价，但公众对转基因产品安全性仍存疑虑。消费者组织等民间团体持反对立场，发起抗议活动，媒体也起到负面影响。据调查，82%的日本消费者对转基因作物持否定态度，愿意食用转基因食品的消费者比例从1997年的45%降至31%。约90%的消费者不愿食用转基因食品。
消费者的态度影响食品加工业：多数酿酒商停止使用转基因产品酿造啤酒；许多传统食品公司（如豆腐制造商）使用非转基因原料并标注“未使用转基因大豆”。要求转基因与非转基因作物分开贮运的呼声日益高涨。
2. 政府组织的宣传活动
农林水产省自1995年起开展公众宣传，认为公众宣传与安全评价同等重要。宣传活动由农林水产省直接进行或委托“农林水产技术创新协会”（STAPF）承担。自2000年起，尝试“认同会议”形式，该形式起源于丹麦，用于评定新技术。农林水产省就“转基因作物的风险与好处”征求公众建议，选出18名代表，经讨论形成报告，强调应审慎应用生物技术，及时发布信息，开展长期环境效应评估，并尊重公众选择权。根据报告，2001年启动了转基因与非转基因水稻、玉米、油菜的长期环境效应研究计划，并开展第二轮公众意见搜集。
四、转基因食品与标识
1. 标识
1997年5月，农林水产省建立转基因食品标识委员会，包括消费者代表、生产者、分销商和专家。委员会经广泛讨论，于1999年8月建议实施强制标识，并提出标识食品目录。标识要求说明转基因食品是否与常规食品实质等同，以及重组DNA或蛋白质是否存在。该标识系统纳入《农林产品标识与标准法》，于2001年4月1日实施。
标识系统适用于5种农产品：大豆、玉米、马铃薯、油菜子和棉花种子，以及24种加工品（其中重组DNA或蛋白质仍存在）。标识目录每年修改，考虑科研、生产、流通现状及新检测方法。目前正进行首次修改，将新增以马铃薯为原料的加工食品。
2. 转基因食品标识现状
标识办法生效后，农林水产省下属“食品质量、标识与消费者服务中心”调查了5661种加工食品。57%的产品标注为非转基因，43%未做标识。中心选取59个样品进行DNA检测，在11个样品中检测到重组DNA。对5个玉米样品进行定量分析，发现1个样品转基因成分超过5%，已责令更正标识。
大豆油和大豆酱油无需标识，因未检测到重组DNA或蛋白质。但多数日本制造商仍使用未经分离的转基因大豆加工这些食品。
日本：重组基因鳉未经批准不得销售
日本农林水产省及环境省对未经批准销售重组基因鳉的销售商发出公告，要求报告并没收货物。进口或销售“闪耀的鳉”需依据《重组基因生物使用等规定确保生物多样性法》获得批准。此次涉及从台湾进口（1家）和销售（18家）的小卖店，同时要求台湾开发商及贸易商在未获批准前勿向日本输出。