2012年8月13日 讯 /生物谷BIOON/ --美国加州大学圣地亚哥分校计算机科学家Pavel Pevzner领导的一个国际研究小组开发出一种新的算法来对有机体单个细胞的基因组进行更加快速地和更加准确地测序。这个新的算法被称作SPAdes，能够被用来对不能利用标准克隆技术进行处理的细菌进行测序，其中研究人员将这些细菌称作生命的暗物质，比如医院中发现的一些病原体，在深海或人胃肠道中存在的细菌。最终，研究人员希望将这种算法应用到癌细胞以便监控这种疾病发生的早期阶段，即正常细胞首先转变为癌细胞的时候。Pevzner和同事们将它们的发现发表在2012年5月那期Journal of Computational Biology期刊上。他们在2012年8月8日发布了SPAdes算法。

2011年秋季，Pevzner领导的研究小组与J. Craig Venter研究所单细胞测序先驱Roger Lasken和Illumina公司研究人员合作，从而开发出第一个能够处理单细胞测序的软件。2011年9月，研究人员在Nature Biotechnology期刊上发布了这些发现。就在此几个月之前，一种新的测序算法fwas也被开发出，这足以说明在单细胞测序领域正取得快速进展。如今，Pevzner领导的研究小组正在利用SPAdes算法对生命暗物质细菌和人病原体进行测序。

在此之前，研究人员先是开发出一系列费时费力的生物信息学测序软件包(boot camp)，就在两个月之后，他们开始开发SPAdes基因组拼接软件(genomes assembler)。六个月后，他们开发出新的非常精准的拼接软件。Pevzner说，基因组片段拼接就像是拼图游戏中要将几百万个小碎片组装在一起，因而它经常被视为生物信息学中最为复杂的问题之一。在这项研究中，他们开发出的这种新的SPAdes算法有助于解决这种片段拼接难题。(生物谷：Bioon.com)

本文编译自Team develops new method for sequencing dark matter of life from a single cell