华大基因是世界上规模最大的基因测序公司，有生物界的富士康之称，深圳是国家生物医药产业基地，华大是深圳在生物医药领域的标杆企业，此外还有深圳迈瑞和曾红极一时的深圳北科。华大基因被称为业内的富士康，是规模巨大的测序工厂，华大是如何出现在中国并成为世界第一的，有如下几个原因：

生物技术IT化。华大基因的出现和生物基因测序的技术必不可分，高通量测序技术应用的发明是测序领域的工业革命，使得大规模，低成本的测序成为可能。

在高通量测序技术发明前，测序技术依赖毛细管电泳，不但耗时，而且测序数量受到限制（常用分析法每次只能分析96个样本），效率不高。而且，该技术基于酶法测序，成本比较高。高通量测序技术堪称是测序技术的里程碑，这个技术可以对数百万个DNA分子进行同时测序，大大提高了测序的效率和成本，让基因测序从“农业和手工业时代”进入了“工业时代”，自2005年以来，以包括Illumina公司的Solexa技术的三家公司的技术为标志的高通量测序技术相继诞生。

在高通量技术革命前，测序已经有了广泛的市场需求，几乎所有的科研机构都认为了解基因组序是最基础的信息，但测序并不存在外包的可操作性，还处于手工艺人阶段。2010年，华大基因购买128台Illumina新测序仪，是华大变成世界测序工厂的序曲。

华大做好了大规模测序的技术准备。华大基因最早代表中国加入人类基因组测序计划，并承担了1%的测序量，在基因组计划结束之后，华大基因又开始了水稻基因组测序，测出了全世界第一个水稻基因组。早期华大基因是中科院下属机构，学术和商业并行，这些实战使得华大基因在机会来临的时候做好了大规模测序的技术准备。

低成本优势。在水稻基因组测序时，华大基因已经对在低廉的成本下测序的准备。在水稻基因测序期间，华大用人工来替代部分机器，2000年初人口红利正当其时，中国20个左右的员工可以替代三四台测序仪器，而且人工的效率颇高，高峰期华大测序团队有超过150人，而国际通用不过二三十人，另一方面则是使用国产材料，将国外的材料交给国内厂商批量生产成本能下降好几成，在尽可能高效使用试剂方面华大也可圈可点，一根毛细管通常厂商规定只能使用100次，否则会影响精度，华大的毛细管平均每根重复使用500次，此外则是各种优化，一个小修改就能大量节约成本。按照当时的标准，同样的研究，华大用1人民币，国际研究机构要用1美元。在王俊的微博上，他回忆了十年前参加水稻基因组组装的过程，“十年前的水稻基因组组装。文章在科学杂志发表后，日本领导的协作组批评组装准确度。俺的李老师拍案而起：这些组装结果都是我一条一条看过来的！”就是这些“笨功夫”，让华大日后成为规模最大，测序效率极高的测序工厂奠定了良好基础，也是业内人频频将它比作富士康的原因。

政府资金助力。早期华大资本之路并不顺遂，政府资金给了华大发展的基础。在进入深圳后，深圳市政府每年为华大提供三年每年给2,000万，一共给6,000万，深圳市政府相关领导向国开行大力推荐华大，最终使得国开行为华大提供了15亿美元的无担保授信，这才使得后来购买Illumina的设备成为可能。