放射性标记测序凝胶的制备是DNA测序实验中的关键步骤,涉及聚丙烯酰胺凝胶的配制、样品加载及电泳过程。
首先,将适量的尿素溶解于电泳缓冲液中,通过加热促进尿素完全溶解。随后加入去离子丙烯酰胺-双丙烯酰胺溶液,并添加过硫酸铵(APS)和N,N,N',N'-四甲基乙二胺(TEMED)作为聚合引发剂,迅速混合后将溶液倒入两块预先清洁且用硅烷化试剂处理过的玻璃板之间,玻璃板间用0.15毫米厚的间隔片固定,确保凝胶厚度均匀且无气泡。随后插入梳子形成样品孔,使用金属夹固定,凝胶在室温下聚合至少30分钟。
聚合完成后,移除梳子和底部胶带,组装垂直电泳装置,加入1X MTBE电泳缓冲液。使用注射器清洗样品孔,加载样品前再次用缓冲液冲洗以去除孔内尿素残留。样品一般使用1-2微升,通过移液枪配合凝胶加载吸头加载入孔中。
电泳条件根据测序反应类型有所不同:
- 短终止反应:5%聚丙烯酰胺凝胶,厚度0.15毫米,尺寸50 cm×20 cm,电流22 mA,电泳时间约2.25小时。
- 长终止反应:4%聚丙烯酰胺凝胶,厚度0.15毫米,尺寸70 cm×20 cm,电流15 mA,电泳时间8-9小时或20-24小时。
电泳过程中需使用风扇冷却凝胶以防止过热影响分离效果。电泳结束后,拆卸电泳装置,凝胶通常粘附于背板上。将凝胶转移至40 cm×20 cm的3MM Whatman滤纸上,覆盖塑料膜,使用Hoefer凝胶干燥仪在80℃下干燥约25分钟。
干燥后的凝胶置于放射性胶片盒中,曝光于Kodak XRP-1胶片。曝光完成后,使用Kodak GBX显影液显影1-5分钟,蒸馏水冲洗30秒,使用Kodak GBX定影液定影5分钟,再次用蒸馏水冲洗30秒,最后自然晾干胶片。
本方法详细规范了放射性标记测序凝胶的制备及操作流程,确保DNA片段的高分辨率分离和准确检测。