中国科学技术大学校长、中科院院士朱清时在2006年“一流大学建设系列研讨会”上指出，大陆高校教师“近亲繁殖”现象日趋严峻，六成教师毕业于本校，严重危害了大学的创新能力。朱清时院士引用中国人民大学顾海兵等学者的调查数据，该调查以23所知名高校的财经类院系专职教师为研究对象，其中17所内地高校包括北京大学、清华大学、中国人民大学、中山大学、复旦大学等，6所香港地区及国外高校包括哈佛大学、耶鲁大学等。

调查显示，17所内地高校接受调查的987名教师中，有604人在最高学历毕业后直接在母校任教，占所有教师的62%。其中，南开大学经济学院80%的教师毕业于本院，北京大学经济学院64%的教师毕业于本院，清华大学经济管理学院53%的教师毕业于本院，中国科学技术大学副高以上教师中有54.2%的人在本校取得最高学历。与此形成鲜明对比的是，海外高校极少留用本校毕业生。例如，芝加哥大学经济学院86%的教师从未在本校就读，哈佛大学经济学院47名教师中只有1人最高学历学校是本校。

朱清时院士强调，自然界中基因的多样性保证了“物竞天择”和生物进化，科学领域中思想和方法的多样性同样保证了科学的不断创新。然而，严重的近亲繁殖导致中国最近十几年来学术创新缺乏重大成果，平均创新水平滞后于投入，学生缺乏超越老师的勇气，大学难以形成百花齐放、百家争鸣的学术氛围。他指出，越是知名度高的大学，近亲繁殖程度越严重，且按照目前的教师更新速度，20年内这种现象难以根本改观。

朱清时分析认为，“肥水不流外人田”的思想是根本原因。从导师角度看，将弟子留在身边便于办事，有利于扩大自身地位和影响力；从学生角度看，留在导师身边可得到更多关照。针对这一现象，朱清时建议以几所重点高校为核心，兄弟院校联合起来，相互推荐研究生和新教师，联合进行教改，加快教师队伍的流动。