11月27日，日本媒体广泛报道称，朝鲜试图从日本走私药品用于制造生化武器。当日，日本警方大规模搜查了位于东京文京区的“在日本朝鲜人总联合会”（简称朝总联）总部等6处场所，指控其“涉嫌违反《药剂法》，有组织地向朝鲜走私药品”。日本《产经新闻》强调，这些药品可能被用于制造生化武器所需的细菌培养基。日本警方将此事件视为“朝鲜调配军用物资的一环”。同日，六方会谈美国代表团团长希尔抵达北京，与韩方、日方团长会合，商讨重启六方会谈的具体日期。在此敏感时刻，日本对朝总联的搜查被认为可能刺激朝鲜。

警方搜查行动于27日上午进行，东京文京区朝总联门前聚集了大量抗议民众，高呼“拒绝不正当搜查”。据《读卖新闻》报道，搜查范围还包括分支机构、医院等5处场所。事件起因是一名74岁朝裔女子非法获取大量点滴注射药品，试图未经申报带往朝鲜。该女子是朝总联相关团体“在日朝鲜人科学技术协会”一名官员的亲属，该官员曾涉嫌参与对朝非法出口弹道导弹相关器材。日本警方透露，今年4月下旬，该女子向一家耳鼻喉医院院长索要药品，5月1日，院长未经许可提供了60袋点滴注射药和120针剂肝病治疗药品。按日本《药剂法》，医药品贩卖和转让须获许可。5月18日，该女子试图乘坐“万景峰92号”客货船出境时，被新潟海关发现未申报药物，药品总额超过30万日元上限，未获准带出。药品返还给其亲属，后续手续由朝总联代办。6月，新潟海关再次发现类似案例，遂通知厚生劳动省和警方。内阁官房长官盐崎恭久表示，警方行动有足够证据，依法进行。

日本媒体对药品用途的猜测不一。《朝日新闻》称药品为综合氨基酸注射液，《产经新闻》称氨基酸点滴药，韩国媒体称乳酸钠，美联社则称警方未透露具体名称。《产经新闻》称，朝鲜在日本国内的药品调配由平壤的“朝日友好医疗事业公社”和劳动党下属保健官员指挥，日本产点滴药品仅供劳动党及军方干部使用。日本媒体认为药品可能用于补充营养或制造生化武器。《每日新闻》报道称，点滴药品用于低营养状态，肝病药品曾用于预防辐射DNA损伤的实验。《产经新闻》甚至称，从氨基酸点滴药中可提取氨基酸用于培育细菌，进而研制生化武器。朝日电视台报道称，警方主要怀疑朝总联将药物运往朝鲜帮助核开发，并猜测朝鲜核设施工作人员因辐射导致营养不良和肝脏疾病，甚至猜测朝鲜主要领导人可能患有肝脏疾病。

朝总联成立于1955年，被视为朝鲜在日本的“准外交机构”，与朝鲜政府和领导层关系密切。日本警方认定其参与向朝鲜汇款及绑架人质等非法活动。美联社分析，日本警方突袭朝总联是“向朝鲜施加压力”。韩联社称，乳酸钠是国际救助机构常用药品，日本行动与制裁朝鲜并行，意在打压朝鲜领导层。朝总联负责人表示“调查完全不可思议”。美国《国际先驱论坛报》指出，朝总联是“事实上的朝鲜驻日本大使馆”。8月，日本警方逮捕了一名亲朝居民，指控其向朝鲜出口可用于制造生化武器的机械；5月，逮捕两人，称其参与涉朝贩毒。美联社预测，朝总联将面临更多审查。加拿大媒体报道，朝总联官员感叹“气氛到了最坏的地步”。朝鲜官方未立即表态，但朝中社21日报道称，“日本反动分子对朝总联的打压已到不能容忍的地步”，并警告“日本的卑劣行为对朝日关系没有任何好处”。

《环球时报》记者采访专业人士指出，生化武器多为细菌和病毒，病毒需在细胞中繁殖，氨基酸无用；致病菌通常能在普通培养基中生长，并非特定培养基才能制造。因此，日本媒体猜测药品用于制造生化武器培养基缺乏说服力。清华大学国际问题研究所副所长刘江永教授表示，日本舆论对朝鲜半岛问题报道一边倒，强调朝鲜是日本最急迫的威胁，将生化武器、核弹、导弹等概念混在一起，符合当前日本社会口味。在六方会谈重开之际，日本炒作“朝鲜生化武器威胁”的政治意图在于使六方会谈朝对日本有利的方向发展。