Fluidigm公司近日宣布,国际性研究机构Ludwig癌症研究院(Ludwig Institute for Cancer Research, LICR)圣保罗分院利用其BioMark™系统,以前所未有的速度完成了对人类“表面基因组”(surfaceome,即编码细胞表面蛋白质的基因集合)的大规模特征分析。此次实验在Fluidigm公司位于南圣弗朗西斯科的实验室进行,原本需要数月完成的工作,在短短一周内便告捷。
LICR巴西圣保罗分院的Julia Pinheiro Chagas da Cunha博士表示:“我前往Fluidigm公司工作一周,目标是分析96个样本中900个基因的表达。起初,我认为这项任务不可能完成,但最终发现,借助集成流体通路(IFC)技术,这竟然成为现实。Fluidigm的动态阵列(dynamic array)确实非同凡响。仅需不到10微克的RNA,几小时内即可获得有价值的数据,这种方法可用于分析活检等少量组织中的基因表达。”
LICR团队利用结肠、肺、前列腺和乳腺的肿瘤穿刺活检样本(以及对照样本)进行实验。da Cunha博士使用Fluidigm新推出的96.96动态阵列,每天仅需四小时手动操作,即可处理55,000个数据点。
Fluidigm公司总裁兼首席执行官Gajus Worthington解释说:“Ludwig癌症研究院目前使用Fluidigm的48.48动态阵列。但使用我们新推出的96.96动态阵列,所有基因表达工作可以更快完成,或者在相同的一周时间内,以更低的成本处理四倍数量的样本。”
利用人类基因组序列及大量癌症表达基因数据,Ludwig癌症研究院正在进行多项研究,以特征化癌症中差异表达的基因。Ludwig研究院的Sandro J. de Souza博士说:“为了分析整个人类‘表面基因组’的特征,我们进行了一次大规模分析。我们将基因表达数据整合到‘表面基因组’知识库中,发现了可能在恶性胶质瘤和结肠瘤中差异表达的候选基因。接下来,我们希望通过大规模qPCR方法验证部分候选基因。在我们的qPCR研究阶段,Fluidigm的96.96动态阵列将发挥关键作用。”
Fluidigm的新款BioMark™ 96.96动态阵列使用纳升级别的金标准TaqMan®试剂,可同时进行9,216个实时PCR实验。这套新一代集成流体通路装置帮助生命科学研究人员进一步降低成本,提高后勤灵活性和效率,并从微量样本中获得更完整的图谱。
使用10 µL反应体积,将Fluidigm新款96.96动态阵列与业界标准的384微孔板系统比较,96.96动态阵列显著提高了生产率和效率:
- 通量提高24倍:一个96.96动态阵列可提供9,216个并行数据点,相当于24块384微孔板的处理能力。
- Master Mix用量减少192倍:9,216次反应所需混合液分别为240 µL和46,080 µL。
- 准备复杂度降低96倍:每9,216次反应,96.96动态阵列仅需192步移液操作,而相同数量的微孔板实验需要18,432步移液操作。
关于Fluidigm公司
Fluidigm公司开发、生产和销售其独有的集成流体通路(IFC)系统,显著提高生命科学研究的生产率。借助Fluidigm的IFC,可同时对极微量样本进行成千上万次复杂生化测定。这种生物学集成通路通过在单一微型设备上微型化和集成液体处理部件实现。Fluidigm的IFC系统由仪器、软件和一次性使用的集成流体通路装置组成,与传统实验室系统相比,扩大了通量,降低了成本,提高了灵敏度。Fluidigm产品已获美国食品药品管理局(FDA)批准用于诊断和检定,且仅限于研究用途。