欧盟对转基因农作物（GMO）的严格管控可能导致该地区大豆供应严重短缺。大豆是欧洲养殖业主要的饲料蛋白来源，其供应紧张将直接影响肉类价格，尤其是猪肉和鸡肉，进而导致肉类消费和产量急剧下滑。

全球农户已受到燃料和饲料价格飙升的重创。在欧洲，大豆价格因供应短缺而大幅上涨。欧盟严格控制转基因农作物，可能导致来自美国、阿根廷和巴西等国的数百万吨新型转基因大豆无法进入欧盟市场。未来几年，欧盟养殖户可能无法获得足够的大豆饲料，因为出口商担心大豆船货可能含有未经批准的转基因成分，从而不愿向欧洲出口。玉米进口也面临类似问题，但欧盟国内玉米产量较高，影响相对较小。

据欧盟生物燃料行业官员称，欧盟已成为全球最难种植或进口转基因农作物的地区之一，批准程序通常需要三年甚至更久，而美国仅需16到18个月。过长的审批时限已导致美国玉米种植户无法向欧洲出口玉米，因为美国已批准的转基因玉米在欧盟尚未获批。然而，大豆情况更为严峻：欧盟每年进口约4000万吨大豆，占消费总量的三分之二，大豆占欧洲蛋白饲料的55%。

欧盟委员会正在讨论应对措施，一种可能是允许进口船货中含有痕量的未经批准的转基因成分。欧盟委员会农业发言人迈克尔·曼（Michael Mann）表示，必须确保国内用户能从欧盟以外地区获得充足的大豆供应和蛋白。欧盟委员会2007年的一份分析报告显示，在最坏情况下——即从美国、巴西和阿根廷的大豆进口中断——欧盟猪肉产量可能到2010年减少34.7%，禽肉产量减少43.9%。

阿根廷和巴西过去只种植欧盟批准进口的转基因大豆，但中国成为最大大豆进口国后，可能降低欧盟在种植户心目中的地位。欧洲对转基因作物的深切怀疑导致欧盟委员会在此问题上裹足不前，约60%的欧洲人反对转基因作物进入食品供应链。

全球广泛种植孟山都公司研发的Roundup Ready一型转基因大豆，该品种已获欧盟进口批准。然而，明年美国、巴西和阿根廷将种植两种新型大豆品种，分别由孟山都和拜耳公司研发。这些作物对欧盟意义重大，欧盟本月已采取措施批准这些作物，但尚不确定到2009年秋季能否批准孟山都的Roundup Ready二型转基因大豆，届时美国种植的40-80万英亩二型大豆将收获。据美国大豆协会称，转基因行业正在研发另外22种转基因大豆品种，新型品种能否及时获得欧盟批准仍是未知数。

欧盟委员会考虑的一个解决办法是制定食品及饲料中未经批准的转基因成分容忍标准，使美国出口商可向欧盟出口已批准的大豆品种，而不必担心船货中含有痕量未经批准的转基因成分。目前此事仍在讨论中，尚不清楚欧盟法律是否允许委员会制定足够高的容忍标准以使进口切实可行。如果问题得不到解决，将有更多农户破产，欧盟最终将被迫进口肉类。