禽流感病毒与人流感病毒基因差异的重要性不在于数量而在于位置。近日有消息称，禽流感与人禽流感病毒基因样本仅相差13个氨基酸链，引发公众对“人传人”风险的担忧。广东省疾控中心主任医师许锐恒指出，关键是要分析从禽流感病例中分离的病毒基因特征，观察是否发生基因变异或重组。流感病毒基因组由8个基因片段组成，易发生重组导致变异。若禽流感病毒受体特异性部分发生变异，可感染人类呼吸道上皮细胞；或通过基因重组整合人流感病毒基因片段，则可能获得人传人能力，引发大流行。

据世界卫生组织（WHO）数据，2003年11月至2005年10月，全球117人感染禽流感，其中60人死亡，涉及H5N1、H7N7和H9N2亚型。1997年香港首次出现H5N1致死人类病例，此后荷兰、中国等地相继暴发疫情。荷兰研究者发现，从死者体内分离的H5N1病毒有26个位点突变，使其对人更致命。美国圣犹大儿童研究医院则发现，香港H5N1毒株的NS1蛋白点突变增强了毒性。

中国农科院哈尔滨兽医研究所研究显示，H9N2病毒具有与人流感病毒相似的受体特异性，在人群中已有一定感染范围，且禽类多呈不显性感染。中国农业大学刘金华教授指出，H9N2可能引发未来人际流感大流行。WHO驻华代表贝汉卫估计，若禽流感与人流感病毒基因重排，可能导致全球200万至710万人死亡。历史上，1957-1968年亚洲流行的H2N2病毒即源自禽流感。

猪因细胞表面结构介于禽和人之间，可能作为病毒“混合器”，但已有病例显示禽流感可直接感染人类，使人成为“混合器”的风险更高。深圳市疾病预防控制中心检测发现，鸡群中H9N2抗体阳性率为7%，且与鸡密切接触人群抗体阳性率显著高于非密切接触者，部分分离株为基因重配株，其PB1和PB2基因节段与H5N1相似。