自1995年科学家们获得并公布了流感嗜血杆菌(Haemophilus influenzae)的基因组序列之后,许多包括人在内的复杂多细胞生物的基因组信息也已获得破解,但是近期来自冷泉港实验室(Cold Spring Harbor Laboratory),以及纽约大学的研究人员利用一种高通量芯片技术证明目前的基因组测序方法是不完善的,而且他们指出许多研究人员并没有意识到这种情况可能会带来的后果。这一研究公布在新一期的the Journal of Computational Biology杂志上。
基因组测序为进一步了解人类进化、病因,环境和遗传在决定人类健康状况中的相互作用等方面提供了重要信息,但是如果一个生物体的基因组是不稳定的,在物种(人种)中会发生基因重组或者漂移,那么对于这个生物而言也许就没有真实的线状结构,其基因序列信息也就没有什么意义了。
冷泉港实验室和纽约大学的研究人员通过芯片杂交方法荧光标记裂殖酵母S. pombe基因组,检测这些酵母细胞如何与玻片(glass slide)上探针结合,计算出基因组中探针之间的距离,将得到的S.pombe物理图谱和目前公开(2002年,1400万bp)的基因组图比较发现这两个结果存在着一些小差异,而且这些差异意义重大。
并且文章作者认为在适当的实验条件下,利用他们的这种技术(杂交芯片数据)可以获得集成物理图谱(assemble physical maps)帮助补充测序结果,也可以作为纠正基因组数据错误的工具。
新技术表明目前公开的基因组数据有重要错误
核心摘要:
冷泉港实验室与纽约大学利用高通量芯片杂交技术检测酵母基因组的物理图谱,揭示现有基因组序列存在显著差异,表明测序方法存在不足。研究强调基因组的潜在不稳定性及其对遗传信息准确性的影响,提出集成物理图谱作为校正和补充测序数据的有效工具,为基因组研究提供更可靠的基础。
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