转基因水稻的商业化进程在中国持续引发争议。2009年底，中国农业部生物安全委员会为转基因水稻发放了生物安全证书，标志着转基因水稻可能在未来两三年内开始商业化种植。然而，全球尚无任何国家尝试转基因水稻的商业化种植，包括转基因技术最发达的美国。在中国，水稻约占谷物总产量的40%，转基因水稻是否会率先登场？
农业部农业转基因生物安全管理办公室负责人表示，经过历时10年的安全评价，农业转基因生物安全委员会于2008年12月得出结论：转基因水稻与非转基因对照水稻同样安全。农业部于2009年8月17日批准了“华恢1号”及杂交组合“Bt汕优63”在湖北省生产应用的安全证书。但安全证书与商业化种植及端上餐桌仍有相当距离。转基因品种在获得安全证书后，还需进行品种审定，在控制条件下进行区域试验和生产试验，考察其利用价值和适宜区域，试验合格后颁发品种审定证书。之后，企业还需申领种子生产许可证和种子经营许可证，批准后方可进行商业化生产。
业内人士对转基因水稻普遍保持低调，但政策层面却在不断发力。2008年4月，农业部为修订《农业转基因生物安全管理条例》进行调研，有报道称调研结果建议“在科学、安全的前提下，适当简化原先过于复杂的审批程序，缩短转基因作物上市的过程”。此后仅一年，转基因水稻就获得了安全证书。转基因水稻产业化加速推进的动力何在？当商业化种植不可避免时，转基因水稻在进入13亿人口的食物链之前，还面临哪些未知风险？
转基因水稻的经济效益巨大。中国农业科学院生物技术研究所研究员黄大表示，从全球发展趋势看，转基因水稻已进入战略机遇期。全球已有数百例转基因水稻获准田间试验，涉及抗虫、抗病、抗除草剂、品质和农艺性状改良等。转基因作物的产业化自1996年以来已成为大势所趋，当年全球转基因作物种植面积达170万公顷，2004年增至8100万公顷，是1996年的47倍。然而，2000年至2004年间，中国在转基因作物发展上放慢了脚步，从全球第四位跌至第六位，甚至被印度超越。这一放慢源于上世纪90年代末国内对转基因食品安全性的争论，导致农业部开始慎重考虑安全管理问题。中国因贸易摩擦曾试图抵制美国转基因产品进口，但最终策略演变为不发展转基因大豆，结果从2003年起大量进口转基因大豆，成为世界上最大的转基因大豆进口国，大豆产量从世界第一退居第四。黄大指出，这是一个深刻教训，教育我们在水稻问题上非抓不可，否则也可能被国外控制。
2004年，转基因商业化“步子快一点”的想法逐步成型。一份由16位院士和其他专家起草的《我国转基因作物研究和产业化发展策略的建议》提交国务院，提出“转基因水稻应迅速批准商业化生产”。除了粮食安全战略考虑，转基因水稻带来的巨大经济效益和社会效益也是重要因素。中国科学院遗传所副所长朱祯指出，转基因作物可使用四分之一的土地面积生产约三分之一以上的谷物，其中主要是口粮，可养活一半的人口，产量约提高6%，总农药使用量可减少20万吨，相当于中国当前农药使用量减少20%。中科院农业政策研究中心主任黄季教授曾公开指出，转基因水稻可使农民每公顷平均增收600元。如果中国90%的地区种植转基因水稻，将为社会每年创造约370亿元人民币的福利。对于一个占世界人口近1/4、耕地面积仅占世界7%的发展中国家来说，转基因水稻商业化的诱惑几乎难以阻挡。
同时，转基因水稻研究持续投入却不能实现成果转化，压力也让商业化种植愈发迫切。中国农科院作物遗传工程实验室主任贾士荣作为最早参与转基因水稻研究的专家，上世纪90年代曾研制出一种抗病转基因水稻，但审批通不过，耽误七八年后，出现了能达到同样效果的新技术，应用很快，十多年的时间就此白费。最近获得安全证书的项目研究人员也表示“不希望无限地等”，因为一个优势品种若干年后可能丧失竞争力。有业内专家指出，更不能等待的是“国家的投入”。从863计划开始，转基因项目就在国家领导人支持下持续投入，即使在90年代末争议较大时也未停止。过去20年，三分之一的转基因研发资金集中在转基因水稻的开发上。“如果我国不进行转基因水稻的商业化推广，就相当于每年放弃了200亿元的收入。”
农业部相关部门表示，我国水稻生产中存在着病虫危害严重、干旱等逆境造成严重减产、单产有待进一步提高和稻米品质亟待改良等问题。2008年7月，国务院常务会议审议并原则通过了转基因生物新品种培育重大专项，在水稻方面统筹考虑抗虫、抗病、高产和优质等综合性状优良的转基因水稻新品种培育。农业部称，新兴的转基因技术将有助于“提高水稻产量和品质，确保我国粮食安全”，这也是率先取得世界性突破的良机。
商业化未必能在两三年内开始。2004年，“转基因生物新品种培育”被列入《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006~2020）》重大专项，作为农业领域获得的唯一专项，总预算超过200亿元。从此，转基因水稻掀起热潮，仅2004年，中国政府花费5亿元用于转基因水稻开发。然而，政府对于何时放开、怎样放开商业化，依然相当谨慎。转基因重大专项直到2008年才真正启动，中间论证了四年，各部门对转基因发展的认识始终有分歧，特别是转基因生物安全性的管理尺度。环保部认为要充分论证，一论证就有反对意见，一反对，国家就决定搁一搁。
为缓解争议，国家在转基因水稻安全性研究上投入巨大。中国农科院植保所所长吴孔明表示，目前通过审批的两种转基因水稻，90年代末就从科研层面完成了技术研发，剩余时间几乎全部围绕安全性评价。安全评价分为实验研究、中间试验、环境释放、生产性实验等五个阶段，每个阶段需近一年，完成全部评价需五年左右，但最终用了近十年。吴孔明解释：“主要是农业部考虑到转基因水稻是关乎国计民生的大事，要万无一失。即便研究单位自己完成了评价，农业部最后还得委托几家检测机构，将所有的东西重新做一遍。”农业部在检测过程中扩大了实验范围，在不同地方进行检测，以保证结果更加安全。如“Bt汕优63”，除在湖北实验区有试验性种植，还在安徽、浙江、福建等地进行了安全评价。这些第三方检测机构全国共有几十家，大部分在农业部系统内部，与研究单位没有利益关联。
这些谨慎做法在不少转基因专家眼中成了另一番景象。“现在最大的问题就是审批程序太过繁复，尽管2008年农业部提出简化，但并没有做。转基因水稻在中国的产业化不是硬件问题，而是软环境跟不上。”朱祯表示。官方迟迟未公布转基因水稻商业化种植的时间表，因此也有意见认为，在转基因提速的背景下，拿到“准生证”的转基因水稻很快就会广泛种植。吴孔明特别指出，转基因水稻的生产有《农业转基因生物安全管理条例》和《种子法》两部法律管着，只有两部法律颁发的“准生证”都到手，才能开始商业化。现在只拿到“条例”上批准的一张，还要按照《种子法》规定通过品种审定，审定时间一般是两三年。不少国外媒体据此预测，中国转基因水稻将在“两三年内”开始商业化种植。吴孔明则表示，即使两三年后也不一定能开始，因为品种审定中还有一个淘汰机制。“就是让转基因水稻种子和其他水稻种子竞争，比得过，就通过审定。现在批准的是作为抗虫的转基因性状，但如果长得不好、产量低，还得换成其他水稻。”
监管挑战：地方执行与非法流通。即便拿到了“准生证”，转基因水稻的商业化种植之路仍蕴藏着不可预知的风险。在安全性评价时期，种植规模有限，一旦商业化，种植规模迅速扩张，随着地区、气候变化等因素，整个生态学链条也会发生变化。吴孔明指出，这种变化会带来什么结果，过去只是理论上的预测，在现实中需要根据监测动态确定新的风险管理办法。黄大表示，在转基因生物的安全性管理上，中央一级已积累了不少经验，也算与国际接轨，特别是安全风险检测机制上，国家的体系相当严格。对于《安全性管理条例》已有的问题目前正在修改之中，“内容还不能公开，主要的目的是更有利于在新形势下，加快推进转基因作物的发展，同时又保障安全。”农业部有关部门表示，转基因粮油等主要作物的品种审定不同于普通作物品种，有关区域试验和生产试验将在严格可控制的条件下进行，具体办法正在研究制定中。农业部方面称，对农业转基因生物安全管理工作“严之又严、慎之又慎”，切实保障公众的知情权和选择权。
但是，监管最终还是靠地方，特别是大面积推广以后，地方监管的范围和具体管理方式可能成为问题。绿色和平组织食品与农业项目主任方立锋指出，2005年4月，该组织经过两个月调查发现，湖北武汉市、武汉周边地区和松滋市等地方的种子市场、农技站和种子站，在非法售卖没有通过安全审批的转基因水稻，并很可能销售到湖北以外的南方市场。根据种子公司和农民提供的数据，综合估算，湖北2004年至少有950吨~1200吨转基因大米已流入市场；2005年的种植面积至少为20000亩~25000亩。2007年9月，在位于怀化市的湖南省中稻区域试验田，绿色和平组织又发现：在农业部不知情的情况下，一种实为转基因品种的水稻，冒充常规杂交水稻做了两年田间实验，并已进入最后的品种审定阶段，试图绕过转基因生物安全审定，直接获取商业化种植资格。“这些品种都是从国内的实验室里流出来。这背后自然有很多商业利益，而政府的监管似乎有些力不从心。”方立锋指出，一旦商业化种植放开，监管会更困难。黄大也认为，国内地方上对转基因的监管有点混乱。他说，不久前在国家发改委的一次会议上，还有人反映华南几省有不少国外转基因作物，没在国家登记就开始种植。“底下也分不清哪些是转基因，哪些不是。中央的条例到了地方，还得拿出一些具体办法，现在看来还是一个空缺。”黄大说，首要的是把地方管理体系建立起来，地方政府才能真正负责。