在“十一五”期间，中国医药创新体系实现了三大突破：自主研制的创新药物走向国际；部分单元技术平台实现与发达国家互认；整体布局上基本形成国家药物创新体系。全国人大常委会副委员长、中国工程院院士桑国卫在大会报告中指出，2008年中国全面吹响医药创新集结号，将“重大新药创制”和“艾滋病和病毒性肝炎等重大疾病防治”列入《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006~2020）》中的重大科技专项；2009年5月5日，“重大新药创制”专项正式启动实施。

桑国卫详细介绍了新药研发进展：中国研制的基因工程幽门螺杆菌疫苗，不仅是世界上第一个胃病疫苗，也是中国第一个基因工程疫苗，三期临床试验显示保护率高于72.1%；乙肝治疗性疫苗正在进行三期临床试验；基因工程戊肝疫苗有望在2010年获得新药证书和生产文号。在艾滋病疫苗方面，两种疫苗被批准进入临床研究，其中一种已进入二期临床。此外，中国第一个沙星类创新药物——盐酸安妥沙星于2009年4月20日上市；新型口服广谱激酶抑制剂AL-3810完成临床前研究，国内外同步开发；新化学实体新雷帕霉素类似物Y31正在进行全面临床前研究；新型乙酰肝素酶抑制剂JG3拥有国内外自主知识产权。

桑国卫指出，新药研发分为三个阶段：2008~2010年为创新转型阶段，基本形成国家药物创新体系；2011~2015年为快速增长阶段，技术规范与国际接轨，差距缩小；2016~2020年为跨越发展阶段，综合能力接近国际先进水平。在“十二五”期间，中国新药创制将力争在药物缓释和控释技术、生物技术产品（如大分子化合物、蛋白药物、人源化单抗、干细胞技术）、新化合物库和中药成分库建设、中药安全性及复方药物作用机理等方面取得突破。

桑国卫建议医药企业实施“大药做大，提高质量，降低成本”策略，抢仿44个专利到期的重磅炸弹药物，完善创新药物体系，争取1~2个产品进入国际市场，培育大园区、大企业和产学研联盟。值得注意的是，“十一五”期间重大新药创制专项分两批确定970项课题，经费53亿元。中国生物技术发展中心主任王宏广感叹，国家用不到国外一个新药研发的资金，调动了全民族新药研发的积极性，并吸引了大量海外学子回国贡献力量。