2010年4月，国际环保组织“绿色和平”在北京发布的《中国九地区流通领域转基因稻米、米制品及转基因稻种调查报告》指出，违法的转基因大米和米粉已进入广东、福建、湖南和湖北四省市场。报告称，“目前可能有不止一种转基因水稻流入市场”，消费者在不知情的情况下可能购买到违法产品。

2009年8月17日，中国农业部批准了两种水稻和一种玉米的转基因生产应用安全证书。尽管安全证书不等于商业化许可，但转基因水稻的商业化种植已在湖北、湖南等地悄然进行。绿色和平2005年的调查显示，湖北孝感、咸宁、江夏等地区已有大规模转基因水稻种植。

中国主粮经过数千年检验被认为是安全的，而仅有二十年历史的转基因食品是否安全，成为公众关注的焦点。

转基因作物的生态影响

在印度，环境部长拉梅什（Jairam Ramesh）呼吁谨慎处理转基因作物技术，并宣布暂时冻结孟山都和Mayhco的Bt茄子商业化种植。此前，印度古吉拉特地区四个地区的Bt棉被发现吸引红铃虫，孟山都最终承认害虫已对抗虫蛋白产生抗体。

中国农业科学院吴孔明等人在《科学》杂志上发表的研究表明，Bt棉的广泛种植导致次要害虫盲蝽蟓急剧增加，取代棉铃虫成为主要害虫。2008年，中国棉花盲蝽发生面积达390万公顷，产量损失5万吨，分别是2000年的3.9倍和6.2倍。盲蝽虫害加重导致化学农药使用量大幅增加，2000年棉田防治盲蝽施药不足1次，近年来上升到6~7次，严重地区达15~20次。

转基因研发的利益链

2009年7月，中国启动转基因生物新品种培育科技重大专项，投入资金约240亿元。清华大学客座教授熊蕾指出，国家对转基因专项投入240亿元，而非转基因项目仅19亿元。北京师范大学田松教授质疑：“这是一个巨大的利益链，我们怎么能够相信，科学家不会被巨大的利益冲昏头脑，欺骗公众？”

国家农业转基因生物安全委员会（安委会）负责转基因安全评价。据绿色和平统计，最初安委会委员中生物技术专家占61%。中国人民大学郑风田透露，在58名委员中，2/3是转基因科学家，其中多人正在申请专利或已通过，环保和食品安全方面成员很少。

学者与商人的双重身份

华中农业大学张启发教授是转基因水稻的主要研究者，同时担任安委会成员和转基因水稻研发者。2005年，媒体披露张启发在擅自扩大制种的武汉科尼植物基因有限公司任CEO。绿色和平2005年报告《非法转基因水稻污染中国大米》指出，湖北2004年至少有950～1200吨转基因大米流入市场，2005年种植面积达23500～29000亩，产转基因大米11750～14500吨，从湖北流向广州、中山、顺德、珠海等城市。

转基因种子源头指向华中农大，张启发研发的“抗虫汕优63”种子由科尼公司委托湖北松滋种子公司制种。2005年8月，湖北省农业厅对三家擅自扩大制种的公司开出罚单，包括科尼公司、武汉禾盛种衣剂有限责任公司和华中农大新技术研发公司。2006年1月，全省禁止销售未经批准的转基因作物种子。张启发未受影响，4年后成立中国首个转基因水稻安全证书团队。

中国农业科学院贾世荣教授也是转基因水稻安全证书申请者，同时担任深圳创世纪转基因技术有限公司首席科学家和董事。贾世荣曾表示：“科学在现有水平上认为是安全的，就是安全的。如果以后出现问题，科学会解决它。”