饶毅，作为中国生命科学领域的领军人物，不仅是一位杰出的神经生物学家，更是一位深刻关注中国科研体制与教育改革的公共知识分子。他持续观察并批评中国科研体制的弊端，曾与鲁白、邹承鲁合著《中国科技需要的根本转变：从传统人治到竞争优胜体制》一文，直指行政机关对科技经费的过度控制，建议设立总理科技办公室以取代科技部，赋予科学家更多自主权。他写道：“如果科技管理还是计划时代的产物，没有根本的变革，中国科技进步就会被体制延缓……对于国家领导人来说，建立良好的科技体制，让中国国内优秀科技专业人才发挥创造性，专心在他们的专业上做出成就，是比具体科技大课题更重要的课题。”

饶毅自视为“批判性的建设者”，他欣慰地看到中国科学虽问题犹存，但已逐步走上正轨。然而，他认为教育领域的改革更为紧迫：“创造能力和个性品格的培养，中国目前是有显著缺陷的。由中国中小学教育提倡、培养和选拔出来的‘好学生’的心态、习惯和行为模式，在进入到科学研究前沿时，将暴露出很大问题。从更广泛的社会需求来说，只会做‘好学生’很难适应社会需求。”

2004年，饶毅受邀出任北京大学生命科学学院院长。经过深思熟虑，他于2007年正式回国，彼时他已在西北大学任教三年。面对朋友的不解，他回应：“中国正在经历一个‘指数增长级’的阶段，回国的意义会更大。我们有不完美的地方，但我们可以一起努力，一步步地往更好的方向走。”

在北大生科院，饶毅推行了一系列改革，涵盖教学、科研、文化构建和管理模式。他打破传统实验教学的模式，要求教师设计真正具有探索性的实验，例如让本科二年级学生研究高龄雄性和雌性动物能否生育的问题，这些研究没有既定框架，结果充满不确定性。同时，学院大量增加学术报告和科学文化讲座，致力于营造一种既能获得智力刺激、又可保持愉悦心情的文化环境，鼓励开展意义深远和创新性强的科学研究。

在管理上，饶毅以同行评议取代了以往的“近亲繁殖”。例如，当实验室负责人退休时，不再由内部人员接替，而是根据学科发展需求，通过同行评议决定实验室的去留。长效评估机制取代了逐年评估的繁冗程序，教授组成的专门委员会在仪器采购、课程设置等方面享有发言权。饶毅强调：“我们的教育应该以寻求中国未来为目标，并提供达到目标的教育途径。”